参考：生信技能树
变量
所谓变量就是计算机中用于记录一个值（不一定是数值，也可以是字符或字符串）的符号，而这些符号将用于不同的运算处理中。通常变量与值是一对一的关系。
变量也存在使用的限制，称为 作用域 ，变量的作用域即变量的有效范围（比如一个函数中、一个源文件中或者全局范围），在该范围内只能有一个同名变量。一旦离开则该变量无效，如同不存在这个变量一般。
可以通过 declare 声明一个变量。
通过 = 为变量赋值。
需要注意， Shell 中的赋值操作，= 两边不可以输入空格，否则会报错。
和其他编程语言一样，shell中的变量只能是英文字母、数字或者下划线，且不能以数字作为开头。
状态变量
记录命令的运行结果。
位置参数变量
自定义变量
由用户自行设定。
需要注意的是，单引号中的特殊符号不会被解释，而双引号中的特殊符号才会被解释。
环境变量
shell 中的环境变量有三种：
而有三种命令和环境变量有关：
查看环境变量
echo 可以用来打印内容
$ echo $PATH
返回结果便是环境变量
但并不好看，因此我们可以利用管道（传递结果），及tr 操作以及换行符\n，将输出结果修改。
echo $PATH|tr ':' '\n'
打印结果，因为我安装了java 和minicoda，因此还有一些其他的路径。
/root/miniconda3/envs/wes/bin
/root/miniconda3/condabin
/usr/local/sbin
/usr/local/bin
/usr/sbin
/usr/bin
/usr/local/java/jdk1.8.0_251/bin
/root/bin
顺便利用管道我们还可以借助环境变量查看一些其他东西。
ls 可以列出当前所有内容， 选项l 表示多行输出，h 则可以显示出其详细信息，xargs则是给其他命令传递参数的一个过滤器，在默认设置下相当于echo。
可以列出所有环境下的文件
echo $PATH|tr ':' '\n'|xargs ls -lh
除此之外，我们也可以查看某个环境下的文件信息
ls -lh /root/miniconda3/bin
绿色的都是可执行文件
常用环境变量
删除环境变量
unset 可以帮助我们删除环境变量。但记得要小心不要删除重要的环境变量，比如 PATH ，否则将无法直接使用许多命令。
添加环境变量的方法
第一种
PATH=$PATH:环境所在的绝对路径
PATH=$PATH:${pwd}
# 如果已经进入需要添加的目录下，可以用pwd偷个懒。
该方法相对比较省事，一行代码就可以解决问题。
可是上述的PATH 在连接关闭后就会失效。
第二种
第二种方法通过修改/etc/profile 从而改变环境。
vim /etc/profile # 通过vim 编辑器进入文件
export PATH="$PATH:环境所在的绝对路径" # 指定环境,添加到文件末尾
:wq # 保存并退出vim
通过source /etc/profile 激活环境，没有报错就成功啦。
source 也可以写成 . 。
~/.profile & /etc/profile
工作目录下的profile 中配置的环境变量只对当前用户生效。
PS1 设置
PS1 是系统终端的命令提示符变量。
echo $PS1 # 查看当前的环境
[\u@\h \W] # 返回的内容
那么这些命令提示符变量分别代表什么含义呢？
这里参考：https://www.cnblogs.com/feiyun126/p/6125608.html
\d ：代表日期，格式为weekday month date，例如：Wed Dec 12
\H ：完整的主机名称。例如：hostname是debian.linux
\h ：仅取主机的第一个名字，如上例，则为debian，.linux则被省略
\t ：显示时间为24小时格式，如：HH：MM：SS
\T ：显示时间为12小时格式
\A ：显示时间为24小时格式：HH：MM
\u ：当前用户的账号名称 如：root
\v ：BASH的版本信息 如:3.2
\w ：完整的工作目录名称。家目录会以 ~代替 如显示/etc/default/
\W ：利用basename取得工作目录名称，所以只会列出最后一个目录 如上例则只显示default
\# ：下达的第几个命令
\$ ：提示字符，如果是root时，提示符为：# ，普通用户则为：$
而我的root@VM_0_3_centos ~ 对应的命令提示符变量为[\u@\h \W]
- 还可以通过修改PS1 内容，从而修改各种类型提示符的颜色。
通常来说提示符颜色格式为\[\e[F;Bm\] F 表示字体颜色，B表示背景颜色。
比如我设置的就是PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"
可以参考：https://www.jianshu.com/p/0ad354929baf
你可以通过cat >> 或vim 的方式进入 .bashrc 文件。在文件末尾加上即可。
记得结束以后source ~/.bashrc 激活新配置
激活后
.bashrc 与.profile 区别
bashrc和profile都是Shell的启动设置文件，可以初始化环境变量。
但profile是在用户登录后才会运行，而bashrc在系统一启动便会运行。
另一方面，bashrc属于non-login shell，可以在非交互模式下运行，即不通过shell 进行交互（比如你通过ssh 连接输入cd, ls等交互），而是通过读取存放在文件中的命令，并进行执行。直到读取至文件的末尾，shell 才终止。
而profile 则属于交互式的 login shell，与bashrc 相反。
另外，/etc/bashrc（有的 Linux 没有这个文件） 和 /etc/profile ，它们分别存放的是 shell 变量和环境变量。
conda 中的环境
conda 是个管理linux 包的好东西。
你可以通过下面这个代码安装
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装软件到服务器目录
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 用bash 运行该脚本
source ~/.bashrc # 激活conda
在安装好conda 后，由于国内qiang 的关系，我们可以为conda 的下载来源添加一些镜像，加快我们的下载速度。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda 非常厉害的一点在于，它提供了一个创建环境的功能。
下面提供了一些常用的conda 指令。
conda --version # 查看conda 版本
conda create -n xxx python=2 # 创建xxx 的环境，依赖py2.0
conda info --envs # 查看当前环境
conda info -e # 也可以查看环境
conda env remove -n env_name # 删除某个环境
source active xxx # 激活环境
source deactivate # 退出当前环境
conda remove package_name # 删除某个包
conda create -n new_env_name old_env_name # 直接复制某个环境
conda install package_name # 安装某个包
conda search package_name # 在conda 软件库中搜索某个包
conda update package_name # 更新某个包
conda list # 查看当前环境下安装的内容
调用文件
最直接的方式，便是通过文件的路径，一点一点打出，或者通过相对路径打开文件。
简化调用文件的方式
1）通过赋值。
给变量赋值为某个对象
bowtie2=/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/bowtie2
$bowtie2 # 调用变量
2）使用alias。
类似于快捷方式。
alias bowtie2=/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/bowtie2 # 给变量简称
bowtie2 # 调用变量
3）添加环境变量。
export PATH="$PATH:/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/" # 需要在 /.bashrc 中添加。
echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc # 直接echo 写入文件也可以的。
这时候，在任意位置都可以使用bowtie2 啦。
但需要注意的是，在环境变量中提过，这种方式在重新连接服务器后会失效。因此我们可以尝试第二种。
这里还提供一种方式。可以修改.bashrc文件。和修改profile 文件一样，在文件的末尾添加指定环境。而至于二者的差异，上文也简单的介绍了。
通过cat 在文件后追加。
cat >> ~/.bashrc
或者还可以通过echo 添加。
echo 'export PATH=~/xxx/xxx/bin:$PATH'
4) 通过ln 创建符号连接。
ln -s x1 x2
将x1 下文件 与x2 下文件建立软连接。
如果我们将x2 的目录添加到环境变量中，以后便可以直接通过访问该链接来调用原x1 软件。
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