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介绍

不同于普通的相关性热图，此相关性热图的2个变量是不同的，比如展示10种免疫细胞和20个基因彼此之间的相关性，此时 corrplot 包无法满足要求，需要使用 ggplot2 进行展示。

准备数据

  1. ## 首先你需要获得类似于这种结构的数据,一共5列，第一列和第二列是不同的2个变量，第3列是相关系数，第4
  2. ## 列是相关系数的P值，第5列是根据P值表示的星号（第5列需要自己构造）
  3. # load(file = "correlationHeatmap.RData")
  4. knitr::kable(longformData[1:10,])

image.png

画图

  1. ## 使用 geom_tile画图
  2. library(ggplot2)
  4. ggplot(longformData, aes(X,Var2))+
  5.   geom_tile(aes(fill=CorrValue))+
  6.   geom_text(aes(label=stars), color="black", size=4)+
  7.   scale_fill_gradient2(low='blue', high='red',mid = 'white',
  8.                       limit=c(-1,1),name=paste0("*    p < 0.05","\n\n","**  p < 0.01","\n\n","*** p < 0.001","\n\n","Correlation"))+
  9.   labs(x=NULL,y=NULL)+
  10.   theme(axis.text.x = element_text(size=8,angle = 30,hjust = 1,color = "black"),
  11.         axis.text.y = element_text(size=8,color = "black"),
  12.         axis.ticks.y = element_blank(),
  13.         panel.background=element_blank())

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