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rm(list = ls())
library(survival)
library(survminer)
使用R包自带数据集lung
进行演示
data(lung)
## 创建生存对象
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
fit
# summary(fit)
ggsurvplot(fit, data = lung)
ggsurvplot(fit, # 创建的拟合对象
data = lung, # 指定变量数据来源
conf.int = TRUE, # 显示置信区间
pval = TRUE, # 添加P值
pval.size = 8,
surv.median.line = "hv", # 添加中位生存时间线
risk.table = TRUE, # 添加风险表
risk.table.fontsize = 12,
xlab = "Follow up time(d)", # 指定x轴标签
legend = c(0.8,0.75), # 指定图例位置
legend.title = "sex", # 设置图例标题
legend.labs = c("Male", "Female"), # 指定图例分组标签
break.x.by = 100,
palette = "lancet",
title = "Overal Survival",
font.main = c(16, "bold", "darkblue"),
font.x = c(18, "italic", "red"),
font.y = c(18, "bold.italic", "darkred"),
font.tickslab = c(18, "plain", "darkgreen")) # 设置轴刻度间距
主要参数
ggsurvplot(fit, data = NULL, fun = NULL, color = NULL,
palette = NULL, linetype = 1, conf.int = FALSE,
pval = FALSE, pval.method = FALSE,
test.for.trend = FALSE, surv.median.line = "none",
risk.table = FALSE, cumevents = FALSE,
cumcensor = FALSE, tables.height = 0.25,
group.by = NULL, facet.by = NULL, add.all = FALSE,
combine = FALSE, ggtheme = theme_survminer(),
tables.theme = ggtheme, ...)
参数解释
fit # 拟合的生存曲线对象
data # 用来拟合生存曲线的数据集
fun # 常用三个字符参数;”event”绘制累计事件;“cumhaz”绘制累计风险,”pct”绘制生存概率(用百分比表示)
color # 设置生存曲线的颜色。如果只有1条曲线,则直接设置color=”blue”;如果有多条曲线,默认color=”strata”,按分组为生存曲线着色;也可以 # 自定义调色板来设置曲线颜色。
palette # 调色板,默认”hue”。可选调色板有”grey”,”npg”,”aaas”,”lancet”, “jco”, “ucscgb”,”uchicago”,”simpsons”和”rickandmorty”.
linetype = 1 # 设置曲线线型。可以按”strata”设置线型;或按数字向量c(1, 2)或按字符向量c(“solid”, “dashed”)设置
conf.int # 逻辑词;默认FASLE;为TRUE则绘制曲线置信区间
pval = FALSE # 逻辑词;为TRUE则将统计检验计算的p值添加到图上;为数字,则直接指定P值大小,如pval = 0.03; # 为字符串,则添加字符串到图上,如pval = “p-value: 0.031”
pval.method # 逻辑词,是否添加计算p值的统计方法的文本;只有当 pval = TRUE时, 才会在图上添加检验方法文本
test.for.trend # 逻辑词,默认为FALSE;为TRUE则返回趋势p值的检验,趋势检验旨在检验生存曲线的有序差异
surv.median.line # 在中位生存时间点处绘制水平或垂直线的字符向量;可用值有”none”、”hv”、”h”、”v”;其中v绘制垂直线,h绘制水平线。
risk.table = FALSE # 逻辑词,图上是否添加风险表;“absolute” 显示处于风险中的绝对数量;“percentage” 显示处于风险中的百分比数量;
# “abs_pct” 显示处于风险中的绝对数量和百分比
cumevents # 逻辑词,是否添加累积事件表
cumcensor # 逻辑词,是否添加累积删失表
tables.height = 0.25 # 生存曲线图下所有生存表的高度,数值0-1之间
group.by # 包含分组变量名称的字符向量,向量长度≤2
facet.by # 字符向量,指定绘制分面生存曲线的分组变量(应≤2)的名称
ggtheme=theme_survminer() # 设置ggplot2主题,如theme_bw()
tables.theme # 作用于生存表的ggplot2主题名称,有theme_survminer、theme_cleantable()
add.all = FALSE # 逻辑词;是否添加总患者生存曲线到主生存图中
图标题和坐标轴标签
title # 图表标题
xlab
ylab # 分别指x轴和y轴标签
图例标题和位置
legend # 指定图例位置的字符向量:"top"(默认),"bottom","left","right","none"等。legend="none"表示移除图例;
# 图例位置也可用数字向量c(x,y)指定,x和y的值应在0到1之间。
legend.title # 图例标题,如legend.title = "Sex"。
legend.labs # 指定图例标签的字符向量, 替换fit中strata的名称,顺序应与strata一致。# 如 legend.labs = c("Male","Female")
坐标轴范围、刻度间距
break.time.by # 设定坐标轴刻度间距
break.x.by # 设定x轴刻度的间距,如break.x.by = 100
break.y.by # 设定y轴刻度的间距,如break.y.by = 0.2
surv.scale # 生存曲线的比例转换。允许的值为"default"或"percent"。
xlim
ylim # 指定x轴和y轴的范围,如xlim = c(0,30), ylim = c(0,1)
axes.offset # 逻辑词,默认为TRUE。为FALSE,则生存曲线图的坐标轴从原点开始。
置信区间
# 以下只有在conf.int = TRUE时才生效
conf.int.fill # 设置置信区间填充的颜色
conf.int.style # 设置置信区间的类型,有"ribbon"(默认),"step"两种。
conf.int.alpha # 数值,指定置信区间填充颜色的透明度;# 数值在0-1之间,0为完全透明,1为不透明。
P值文本大小和位置
# 以下只有在pval = TRUE时才生效
pval.size # 指定p值文本大小的数字,默认为 5。
pval.coord # 长度为2的数字向量,指定p值位置x、y,如pval.coord=c(x,y)。
pval.method.size # 指定检验方法 log.rank 文本的大小
pval.method.coord # 指定检验方法 log.rank 文本的坐标
log.rank.weights # 计算log-rank检验p值的权重类型的名称。
删失点
censor # 逻辑词,默认为TRUE,在图上绘制删失点。
censor.shape # 数值或字符,用于指定删失点的形状;默认为"+"(3), 可选"|"(124)。
censor.size # 指定删失点形状的大小,默认为4.5。
生存表
tables.col # 生存曲线图下所有表的颜色,默认为"black";# 按strata显示则tables.col="strata".
fontsize # 指定风险表和累积事件表的字体大小。
font.family # 指定文字字体的字符向量,如font.family="Courier New".
tables.y.text # 逻辑词,默认显示生存表的y轴刻度标签;为FALSE则刻度标签被隐藏
tables.y.text.col # 逻辑词,默认FALSE;为TRUE,则表的y刻度标签将按strata着色。
tables.height # 指定所有生存表的高度,数值在0-1之间,默认为0.25.
风险表
risk.table.title # 风险表的标题
risk.table.pos # 指定风险表位置的字符向量;有两种,"out"在生存图外(默认),"in"在生存图内。
risk.table.col
risk.table.fontsize
risk.table.y.text
risk.table.y.text.col
risk.table.height
# 这五个和上面生存表的常规参数意义是一样的# 但是只应用在风险表中。
累积事件表
cumevents.title # 累积事件表的标题
cumevents.col
cumevents.y.text
cumevents.y.text
cumevents.height
# 这四个和上面生存表的常规参数意义是一样的# 但是只应用于累积事件表中。
累积删失表
cumcensor.title # 累积删失表的标题
cumcensor.col
cumcensor.y.text
cumcensor.y.text.col
cumcensor.height
# 这四个和上面生存表的常规参数意义是一样的# 但是只应用于累积删失表中。
生存图高度
surv.plot.height # 生存图的高度,默认为0.75;# 当risk.table = FALSE时忽略
字体样式
font.title # 标题字体
font.subtitle # 副标题字体
font.caption
font.x
font.y # x轴、y轴字体
font.tickslab # 刻度标签字体
font.legend # 图例字体
# 用长度为3的向量分别指定大小、类型、颜色。如:
# font.main = c(16, "bold", "darkblue")
# font.x = c(14, "italic", "red")
# font.y = c(14, "bold.italic", "darkred")
# font.tickslab = c(12, "plain", "darkgreen")
# font.x = 14 则只改变字体的大小
# font.x = "bold" 则只改变字体类型
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