获取更多R语言知识，请关注公众号：医学和生信笔记

医学和生信笔记 公众号主要分享：1.医学小知识、肛肠科小知识；2.R语言和Python相关的数据分析、可视化、机器学习等；3.生物信息学学习资料和自己的学习笔记！

  1. rm(list = ls())
  3. library(survival)
  4. library(survminer)

使用R包自带数据集lung进行演示

  1. data(lung)
  3. ## 创建生存对象
  4. fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
  5. fit
  6. # summary(fit)
  1. ggsurvplot(fit, data = lung)

image.png

  1. ggsurvplot(fit, # 创建的拟合对象
  2.            data = lung,  # 指定变量数据来源
  3.            conf.int = TRUE, # 显示置信区间
  4.            pval = TRUE, # 添加P值
  5.            pval.size = 8,
  6.            surv.median.line = "hv",  # 添加中位生存时间线
  7.            risk.table = TRUE, # 添加风险表
  8.            risk.table.fontsize = 12,
  9.            xlab = "Follow up time(d)", # 指定x轴标签
  10.            legend = c(0.8,0.75), # 指定图例位置
  11.            legend.title = "sex", # 设置图例标题
  12.            legend.labs = c("Male", "Female"), # 指定图例分组标签
  13.            break.x.by = 100,
  14.            palette = "lancet",
  15.            title = "Overal Survival",
  16.            font.main = c(16, "bold", "darkblue"),
  17.            font.x = c(18, "italic", "red"),
  18.            font.y = c(18, "bold.italic", "darkred"),
  19.            font.tickslab = c(18, "plain", "darkgreen"))  # 设置轴刻度间距

image.png

主要参数

  1. ggsurvplot(fit, data = NULL, fun = NULL, color = NULL,
  2.            palette = NULL, linetype = 1, conf.int = FALSE, 
  3.            pval = FALSE, pval.method = FALSE, 
  4.            test.for.trend = FALSE, surv.median.line = "none", 
  5.            risk.table = FALSE, cumevents = FALSE,
  6.            cumcensor = FALSE, tables.height = 0.25, 
  7.            group.by = NULL, facet.by = NULL, add.all = FALSE, 
  8.            combine = FALSE, ggtheme = theme_survminer(), 
  9.            tables.theme = ggtheme, ...)

参数解释

  1. fit # 拟合的生存曲线对象
  2. data # 用来拟合生存曲线的数据集
  3. fun  # 常用三个字符参数；”event”绘制累计事件；“cumhaz”绘制累计风险，”pct”绘制生存概率(用百分比表示)
  4. color # 设置生存曲线的颜色。如果只有1条曲线，则直接设置color=”blue”；如果有多条曲线，默认color=”strata”，按分组为生存曲线着色；也可以 # 自定义调色板来设置曲线颜色。
  6. palette # 调色板，默认”hue”。可选调色板有”grey”,”npg”,”aaas”,”lancet”, “jco”, “ucscgb”,”uchicago”,”simpsons”和”rickandmorty”.
  7. linetype = 1 # 设置曲线线型。可以按”strata”设置线型；或按数字向量c(1, 2)或按字符向量c(“solid”, “dashed”)设置
  8. conf.int # 逻辑词；默认FASLE；为TRUE则绘制曲线置信区间
  10. pval = FALSE # 逻辑词；为TRUE则将统计检验计算的p值添加到图上；为数字，则直接指定P值大小，如pval = 0.03；    # 为字符串，则添加字符串到图上，如pval = “p-value: 0.031”
  11. pval.method  # 逻辑词，是否添加计算p值的统计方法的文本；只有当 pval = TRUE时, 才会在图上添加检验方法文本
  12. test.for.trend # 逻辑词，默认为FALSE；为TRUE则返回趋势p值的检验，趋势检验旨在检验生存曲线的有序差异
  13. surv.median.line # 在中位生存时间点处绘制水平或垂直线的字符向量；可用值有”none”、”hv”、”h”、”v”；其中v绘制垂直线，h绘制水平线。
  14. risk.table = FALSE  # 逻辑词，图上是否添加风险表；“absolute” 显示处于风险中的绝对数量；“percentage” 显示处于风险中的百分比数量；
  15.                     # “abs_pct” 显示处于风险中的绝对数量和百分比
  16. cumevents # 逻辑词，是否添加累积事件表
  17. cumcensor # 逻辑词，是否添加累积删失表
  18. tables.height = 0.25 # 生存曲线图下所有生存表的高度，数值0-1之间
  19. group.by  # 包含分组变量名称的字符向量，向量长度≤2
  20. facet.by # 字符向量，指定绘制分面生存曲线的分组变量(应≤2)的名称
  21. ggtheme=theme_survminer() # 设置ggplot2主题，如theme_bw()
  22. tables.theme # 作用于生存表的ggplot2主题名称，有theme_survminer、theme_cleantable()
  23. add.all = FALSE # 逻辑词；是否添加总患者生存曲线到主生存图中

图标题和坐标轴标签

  1. title  # 图表标题
  2. xlab
  3. ylab # 分别指x轴和y轴标签

图例标题和位置

  1. legend # 指定图例位置的字符向量："top"(默认),"bottom","left","right","none"等。legend="none"表示移除图例；
  2.        # 图例位置也可用数字向量c(x，y)指定，x和y的值应在0到1之间。
  3. legend.title  # 图例标题，如legend.title = "Sex"。
  4. legend.labs # 指定图例标签的字符向量, 替换fit中strata的名称，顺序应与strata一致。# 如 legend.labs = c("Male","Female")

坐标轴范围、刻度间距

  1. break.time.by # 设定坐标轴刻度间距
  2. break.x.by # 设定x轴刻度的间距，如break.x.by = 100
  3. break.y.by # 设定y轴刻度的间距，如break.y.by = 0.2
  4. surv.scale # 生存曲线的比例转换。允许的值为"default"或"percent"。
  5. xlim
  6. ylim # 指定x轴和y轴的范围，如xlim = c(0,30), ylim = c(0,1)
  7. axes.offset # 逻辑词，默认为TRUE。为FALSE，则生存曲线图的坐标轴从原点开始。

置信区间

  1. # 以下只有在conf.int = TRUE时才生效
  2. conf.int.fill # 设置置信区间填充的颜色
  3. conf.int.style # 设置置信区间的类型，有"ribbon"(默认),"step"两种。
  4. conf.int.alpha # 数值，指定置信区间填充颜色的透明度；# 数值在0-1之间，0为完全透明，1为不透明。

P值文本大小和位置

  1. # 以下只有在pval = TRUE时才生效
  2. pval.size # 指定p值文本大小的数字，默认为 5。
  3. pval.coord # 长度为2的数字向量，指定p值位置x、y，如pval.coord=c(x,y)。
  4. pval.method.size # 指定检验方法 log.rank 文本的大小
  5. pval.method.coord # 指定检验方法 log.rank 文本的坐标
  6. log.rank.weights # 计算log-rank检验p值的权重类型的名称。

删失点

  1. censor # 逻辑词，默认为TRUE，在图上绘制删失点。
  2. censor.shape # 数值或字符，用于指定删失点的形状；默认为"+"(3), 可选"|"(124)。
  3. censor.size # 指定删失点形状的大小，默认为4.5。

生存表

  1. tables.col # 生存曲线图下所有表的颜色，默认为"black"；# 按strata显示则tables.col="strata".
  2. fontsize # 指定风险表和累积事件表的字体大小。
  3. font.family # 指定文字字体的字符向量,如font.family="Courier New".
  4. tables.y.text # 逻辑词，默认显示生存表的y轴刻度标签；为FALSE则刻度标签被隐藏
  5. tables.y.text.col # 逻辑词，默认FALSE；为TRUE，则表的y刻度标签将按strata着色。
  6. tables.height # 指定所有生存表的高度，数值在0-1之间，默认为0.25.

风险表

  1. risk.table.title #  风险表的标题
  2. risk.table.pos # 指定风险表位置的字符向量；有两种，"out"在生存图外(默认)，"in"在生存图内。
  3. risk.table.col 
  4. risk.table.fontsize
  5. risk.table.y.text
  6. risk.table.y.text.col 
  7. risk.table.height 
  8. # 这五个和上面生存表的常规参数意义是一样的# 但是只应用在风险表中。

累积事件表

  1. cumevents.title # 累积事件表的标题
  2. cumevents.col
  3. cumevents.y.text
  4. cumevents.y.text
  5. cumevents.height
  6. # 这四个和上面生存表的常规参数意义是一样的# 但是只应用于累积事件表中。

累积删失表

  1. cumcensor.title # 累积删失表的标题
  2. cumcensor.col
  3. cumcensor.y.text
  4. cumcensor.y.text.col
  5. cumcensor.height
  6. # 这四个和上面生存表的常规参数意义是一样的# 但是只应用于累积删失表中。

生存图高度

  1. surv.plot.height # 生存图的高度，默认为0.75；# 当risk.table = FALSE时忽略

字体样式

  1. font.title  # 标题字体
  2. font.subtitle  # 副标题字体
  3. font.caption
  4. font.x
  5. font.y  # x轴、y轴字体
  6. font.tickslab  # 刻度标签字体
  7. font.legend  # 图例字体
  10. # 用长度为3的向量分别指定大小、类型、颜色。如：
  11. # font.main = c(16, "bold", "darkblue")
  12. # font.x = c(14, "italic", "red")
  13. # font.y = c(14, "bold.italic", "darkred")
  14. # font.tickslab = c(12, "plain", "darkgreen")
  15. # font.x = 14 则只改变字体的大小
  16. # font.x = "bold" 则只改变字体类型

获取更多R语言知识，请关注公众号：医学和生信笔记

医学和生信笔记 公众号主要分享：1.医学小知识、肛肠科小知识；2.R语言和Python相关的数据分析、可视化、机器学习等；3.生物信息学学习资料和自己的学习笔记！