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获取数据

可以直接下载，也可以是自己的测序数据
如果是下载，可以通过 Aspera 软件高速下载

使用conda安装Aspera

  1. 首先安装并配置conda，见”conda” 使用
    2. 使用mamba安装aspera：mamba install -y -c hcc aspera-cli
    tips：记得安装在base环境中，这样其他环境也可以调用
    3. 使用aspera下载数据即可

    手动安装Aspera

    下载安装包，解压，然后安装，这个软件是免费的，如果找到了付费的界面说明没找对

    质控

    首先还是配置conda环境，安装各种生信常用软件，可以一次安装多个软件： ```bash conda install -y sra-tools conda install -y sra-tools fastqc trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp STAR

运行以下语句，不出现报错表示安装成功

prefetch —help fastq-dump —help which prefetch fastqc —help trim_galore —help hisat2 -h featureCounts multiqc —help samtools which samtools salmon -h fastp —help ```
使用fastqc进行质控，查看每一个样本的测序质量
使用multiqc合并结果，方便查看

过滤

使用trim_galore或fastp进行过滤
trim_galore
• 如果加了参数—fastqc，那么结果会出现很多fastqc报告，可以使用multiqc查看一下过滤后的质量

比对

下载 index或者自己构建
• hisat2的index下载地址：https://daehwankimlab.github.io/hisat2/，这个索引是根据release84版本的，最好自己构建
下载参考基因组和对应版本的注释文件，可以参考这里：”参考基因组和注释文件下载”
• esnembl下载，注意版本号releasexxx，要和注释文件版本一致，http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index
6.png
ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-102/fasta/homo_sapiens/cdna，这个是DNA的，下载cdna.all.fa.gz。
ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-102/fasta/homo_sapiens/dna，这个是转录组的，下载primary_assembly.fa.gz
ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-102/gtf/homo_sapiens/，在这里下载注释文件，下载GRCh38.102.gtf.gz

hisat2
subjunc

定量

featureCounts

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