参考基因组及注释文件下载

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一共有3个地方可以下载参考基因组和注释文件

• Ensembl
• UCSC
• NCBI

参考基因组和注释文件有不同的版本，因为人类的各种技术一直在发展，对基因的认识也不断深入，所以会有各种更新，于是就有了不同版本，3个地方的参考基因组和对应版本简单如下所示：

我推荐使用Ensembl下载，因为比较简单

Ensembl下载参考基因组和注释文件

Ensembl下载位置非常好找，就在首页，右下方找到如下界面：

第2个是参考基因组，第3个是参考基因组的注释文件，这2个都有不同的版本号，下载的时候记得选择一样的即可。

下载参考基因组

点击第2个会进入如下界面：

这里面有cdna和dna，cdna是DNA的参考基因组，dna是转录组的参考基因组，关于这2者的区别，需要继续学习。这2种以后都会用到，所以推荐都下载，但是做RNA-Seq需要的是cdna里面的，也就是DNA的参考基因组。
点击cdna，进入如下界面（随着时间推移可能会变化）：

第3个就是我们要下载的，如果想知道每一个有什么不一样，可以下载README学习一下。
点击dna，进入如下界面：

有非常多的类型，如果想要了解每一种类型各代表什么意思，有什么不同，请下载README研究。
这里我们直接下载带dna.primary_assembly.fa.gz后缀的文件，大概840 M。

下载注释文件

点击Download GTF，会进入如下界面：

我们直接下载102.gtf.gz，这个文件，这就是我们要的和参考基因组同一个版本的注释文件。
OK，以上我们就从Ensembl下载了最新的参考基因组和注释文件。但是最新的不是最好的，一定要下载最合适自己的。

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