代码图片来自生信技能树，感谢各位老师的授课与课前准备.

⭐️⭐️图片即是数据

一、作图——“君子性非异也，善假于物也”善于使用别人的代码修改

1、base包——基础，但图片简陋，不适合论文使用

基础包中低级绘图函数需要依赖高级绘图函数实现

2、ggplot2⭐️⭐️⭐️⭐️⭐️——功能强大，很多可视化通过其实现（输入类型为数据框）

（1）绘图模版——不加修饰，最基础版

#如点图模版
library(ggplot2)
ggplot(data = iris)+
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                           y = Petal.Length))

（2）属性设置——为图增加修饰美化（分清手动设置与映射区别⭐️⭐️⭐️⭐️⭐️——属性值是否在aes（）函数中）

①手动设置——将图的属性设置为指定的一个参数

②映射——按照数据框某一列来定义图的某一属性（不具体指定）

PS：

1、当然映射可以指定具体的参数，如：

#指定三种颜色
ggplot(data = iris)+
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                           y = Petal.Length,
                           color = Species))+
  scale_color_manual(values = c("blue","grey","red"))

2、color和fill的区别——color是指图形边框颜色；fill是指图形填充颜色

（3）分面——facet_grid()，facet_wrap() 没懂有啥用，为了好看？

ggplot(data = iris) + 
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length)) + 
  facet_wrap(~ Species)

（4）几何对象（可以叠加——几张图叠加为一张；谁先运行谁的图层在下）

ggplot(data = test) + 
  geom_smooth(mapping = aes(x = Sepal.Length, 
                          y = Petal.Length))+
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, 
                           y = Petal.Length))
#为了书写简单可将全局变量放在开头，对所有图层有效。而局部变量仅对当前图层有效。
ggplot(data = test,mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length))+
  geom_smooth()+
  geom_point()

（5）统计变换——geom和stat两种不同体系

（6）位置关系

①抖动的点图（避免点重叠在一起）——jitter()

ggplot(data = mpg,mapping = aes(x = class, 
                                y = hwy)) + 
  geom_boxplot()+
  geom_jitter()

②多个直方图

#堆叠直方图
ggplot(data = diamonds) + 
  geom_bar(mapping = aes(x = cut,fill=clarity))
# 并列直方图
ggplot(data = diamonds) + 
  geom_bar(mapping = aes(x = cut, fill = clarity), position = "dodge")

（7）坐标系

①坐标系翻转——coord_flip()

ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = class, y = hwy)) + 
  geom_boxplot() +
  coord_flip()

②极坐标系——coord_polar()

3、ggpubr——搜代码直接用，可移植性好（画组间比较方便），sthda上有大量ggpubr出的图

二、图片保存与导出

1、ggsave()函数保存ggplot2图

ggsave(p,filename = "iris_box_ggpubr.png")

2、三段论（通用）

3、eoffice⭐️⭐️⭐️（可以存储为ppt对其所有元素修改）

topptx(p,"iris_box_ggpubr1.pptx")

三、图片拼接——patchwork()

https://mp.weixin.qq.com/s/p7LLLvzR5LPgHhuRGhYQBQ