一、函数

函数的创造

  1. jimmy <- function(a,b,m = 2){
  2.   (a+b)^m

二、R包

可以理解为多个函数的打包存放，包含函数、数据、帮助文件、描述文件等

1.R包的下载

（1）在CRAN

install.packages("tidyr")
install.packages('BiocManager')

（2）在bioconductor

BiocManager::install("ggplot2")

（3）在Github

devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1") #括号里写作者用户名加包名

2.加载R包(一次安装，每次打开新的session都要加载)、更新R包

library()
require()#能加载成功返回TRUE

##更新
update.packages()
##删除重新装

3.镜像

# 清华镜像
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/

# 中科大镜像
# http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/

###可用代码设置镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

4.常见问题

报错.png

三、其他

1.identical(x, y)返回TURE，代表两个数据类型，数据结构，排列顺序完全一样
2.用函数处理数据时，只区分“是什么”，不管出处
3.创造函数时把不变的地方作为函数的主体，把变得地方作为函数的参数
4.在一行可写完代码的情况下，大括号可以省略
5.只关心函数的输入数据是什么，输出结果是什么
6.运行library()没有error是检查R包是否成功的唯一标准
7.package is not available：（1）包名写错
（2）安装命令错误
（3）包的版本与R语言不符
（4）包过时被剔除了（在网站可看包是否被剔除）
8.安装和加载过程中的报错信息，注意看引号，引号里大多是依赖包的名字
9.文件名称出现在函数里始终带着引号，且在某个函数的实际参数上

代码及图片均来自生信技能树小洁老师

坚持不懈！