一、前期准备

登陆：命令行法：ssh 用户名@IP地址 + 输入密码 （MAC）
填表法：

解决MAC登陆5分钟不操作，会出现无法输入的问题

cat  > ~/.ssh/config
Host *
    ServerAliveInterval 120
    TCPKeepAlive no
^C（注意，这一行是按 Ctrl C ，不用粘贴这一行）

修改字体：

echo  'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc
source  ~/.bashrc

二、常用命令（命令格式：命令 + 参数 + 文件）

在Linux中，一切皆文件

1、ls

列出目录文件情况

ls                ## 列出当前目录的文件
ls  ./            ## 同上，‘.’号代表当前目录
ls  ./*txt        ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件
ls  ../         ## 列出上层目录的文件
ls  -a            ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件
ls  -l            ## 列出当前目录下文件的详细信息
ll                ## ls  -la 的简写
ls  -lh         ## 加上 -h 参数，以 K、M、G 的形式显示文件大小
ls  -lh  /        ## 列出根目录下文件的详细信息

2、cd

cd  ..       ## 切换到上层目录，相对路径
cd  /        ## 切换到根目录
cd  /teach/  ## 切换到根目录下的teach，绝对路径
cd  -        ## 返回上一次的工作目录
cd  ~        ## 回到用户家目录
cd           ## 同上，回到用户家目录

3、mkdir

# 创建目录
mkdir dir0
ls
mkdir dir0/sub1/sub2
ls
ls dir0
mkdir -p dir0/sub1/sub2

mkdir -p  test{1..3}/test{1..3}
tree

4、touch

ls
touch  file.txt  new.txt
ls
touch  file{1..5}
ls

5、rm mv cv ln

rm  -i  file.txt
ls  file*
rm  file*
rm  -r  test1

mv  file1   Data/file2 ##移动到已存在文件，会覆盖原文件

cp   readme.txt   Data/
mkdir  dir0
cp  -r  dir0  Data/

ln -s /teach/software/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  ./ ##软链接

6、tar

## 解压
tar  -zxvf  Data.tar.gz
## 压缩
tar  -zcvf  Data.tar.gz    Data  ...

7、cat head/tail less

cat  readme.txt
cat  -n  readme.txt
## 写入文件
cat >file
Welcome to Biotrainee() !
^C            ## 这里是按Crtl  C
## 查看
cat file
Welcome to Biotrainee() !

head  -n  20  Data/example.fq
## 查看 .bashrc 的最后 10 行
tail  ~/.bashrc
## 查看第20行
head  -n  20  Data/example.fq | tail -1

less  Data/example.fq
less -S Data/example.fq
less -N Data/example.fq
zless -N Data/reads.1.fq.gz

8、wc cut sort uniq

cat -n readme.txt
cat readme.txt | wc 
wc -l readme.txt


less -S Data/example.gtf | cut -f 1,3-5
less -S Data/example.gtf | cut -d 'h' -f 1 ##指定分隔符


less -S Data/example.gtf | sort -k 4 | less -S
less -S Data/example.gtf | sort -n -k 4 | less -S


less -S Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c

9、paste

less -S Data/example.fq | paste - - - | less -S
paste file1 file2

10、tr

cat readme.txt | tr 'e' 'E'
cat readme.txt | tr '\n' '\t'
cat readme.txt | tr -d 'e'

三、小技巧

代码及图片均来自于生信技能树卖萌哥