一、图表介绍

1.热图

输入数据是数值型矩阵/数据框，颜色的变化表示数值的大小

2.箱线图

输入数据是一个连续型向量和一个有重复值的离散型向量（见箱线图笔记）
注意：向量的下标与表达矩阵的列一一对应（分组）

3.火山图

背景知识：
1.基因表达量大多是取log2后的数值
2.logFC:log(处理组数据平均数/对照组数据平均数)

4.主成分分析

把多指标转化为少数几个综合指标（即主成分）
同一分组是否成簇（组内重复好），中心点之间是否有距离（组间差别大）
样本与样本之间的距离代表样本与样本的相似程度

二、GEO数据分析

1.分析思路

2.表达矩阵

3.富集分析

(1)KEGG:

每个信号通路可以理解为基因的集合
GeneRatio=该通路的差异基因数/能够对应到数据框中的差异基因总数
BgRatio=该通路总共多少个基因/数据框中所有通路总共多少个基因
衡量一个通路里的基因在差异基因里是否足够多

(2)GO

细胞组分、分子功能、生物过程

三、代码分析流程

其中第2步和第3步是重点！
不属于输入数据的参数，不看不踩坑！

图片均来自于生信技能树小洁老师