又一周过去了,记录一下吧。
遇到了一个问题,如何导入其他用户目录下的 python 模块,可以通过 sys 模块来做:import sys
sys.path.append('/xxx/xxx')
通过 Anaconda 安装 R,试了好几次终于某一次成功了,直接命令:conda install r
但是在集群上很考验网络速度,就是之后想升级,发现升级不太行。
想安装两个 R 包,loomR 在 Github 上,得通过 devtools 安装,scater 得通过 biomanager 安装。
安装 biomanager ,可以指定源安装:install.packages('biomanager', repos = 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN')
由于网络原因,也可以更换 R 包的安装源:options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
安装了 biomanager 以后,可以先更换 biomanager 的安装源:options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
之后安装 scater:BiocManager::install("scater")
loomR 的安装,先安装 devtools,在安装依赖 hdf5r ,最后安装 loomRinstall.packages("devtools")
devtools::install_github(repo = "hhoeflin/hdf5r")
devtools::install_github(repo = "mojaveazure/loomR", ref = "develop")
上一行代码显示连接超时,把 ref = "develop
删除就顺利安装了。
这周做了两个 PPT,一个是关于触角的,一个是关于肾脏演化的,开始意识到我所能想到的方式都已经是我可以意识到的,而更多的我意识到别的做法更好的时候,那是因为我没有建立对其他方法的认识。