又一周过去了，度过了愉快的周末，这周开始就很忙要做很多其他的事情，趁周一晚上有空，简单记录一下。
    用 STAR 建索引的时候，需要用到 GTF 文件，但是偶尔只有 GFF 文件，所以需要一个工具 gffread 来转换一下，转换命令：
    gffread merged.gtf -o- > merged.gff3
    另外安装 gffread 前需要先安装 gclib。
    STAR 具体建索引的命令：

    1. STAR --runMode genomeGenerate 
    2.      --runThreadN 10 
    3.      --genomeDir ./index 
    4.      --genomeFastaFiles ./Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa
    5.      --sjdbGTFfile ./Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.gtf 
    6.      --sjdbOverhang 75