1. 概述**

InnoDB 是 MySQL 的默认事务型引擎，也是最重要、使用最广泛的存储引擎。它被设计用来处理大量的短期（ short 一 lived ）事务，短期事务大部分情况是正常提交的，很少会被回滚。 InnoDB 的性能和自动崩溃恢复特性，使得它在非事务型存储的需求中也很流行。除非有非常特别的原因需要使用其他的存储引擎，否则应该优先考虑 InnoDB 引擎。

在 MySQL 5.1及之前的版本， MyISAM 是默认的存储引擎。 MyISAM 提供了大量的特性，包括全文索引、压缩、空间函数（Gls）等，但 MylsAM 不支持事务和行级锁，而且有一个毫无疑问的缺陷就是崩溃后无法安全恢复。尽管如此，它绝不是一无是处。对于只读的数据，或者表比较小、可以忍受修复操作，则依然可以继续使用 MyISAM （但请不要默认使用 MyISAM ，而是应当默认使用 InnoDB ）。

2. 区别

2.1 存储

InnoDB 的数据存储在表空间（tablespace）中，表空间是由InnoDB管理的一个黑盒子，以.ibd结尾，由一系列的数据文件组成。在MySQL4.1以后的版本中，InnoDB可以将每个表的数据和索引放在单独的文件中。
MyISAM 会将表存储在两个文件中：数据文件和索引文件，分别以.MYD和.MYI为扩展名。
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2.2 事务

InnoDB支持事务、分布式事务，并且实现了四个标准的隔离级别，且默认级别为REPEATABLE READ可重复读，并且通过间隙锁（next-key locking）策略防止幻读的出现。
MyISAM不支持事务。

2.3 索引

MyISAM存储引擎的索引文件和数据文件是分离的，索引文件仅保存数据记录的地址。MyISAM的索引方式也被称为“非聚集索引”。

  1. 主键索引：使用B+Tree作为索引结构，叶节点的data存放的是数据记录的地址。
  2. 辅助索引：使用B+Tree作为索引结构，和主键索引没什么区别，只是主键索引的key是唯一的。

MyISAM中索引检索算法首先会从索引树中搜到指定的key，然后通过其记录的数据地址，读取响应的数据记录。

InnoDB存储引擎中，表数据文件本身就是按照B+Tree组织的一个索引结构，树的叶节点存放了完整的数据记录。InnoDB的索引方式也被称为“聚集索引”。

  1. 主键索引：使用B+Tree作为索引结构，叶节点的data存放的是完整的数据记录。
  2. 辅助索引：使用B+Tree作为索引结构，叶节点的data存放的是主键。

辅助索引的搜索需要检索两遍索引，首先通过辅助索引获得主键，然后用主键到主索引中检索获得记录。（由于覆盖索引，如果辅助索引中已包含需要的数据，就不会再走一遍主键索引。）另外，因为其按照主键聚集，所以InnoDB要求表必须要有主键，如果没有，MySQL会默认生成6字节的rowid作为主键。

MyISAM支持全文索引，InnoDB在MySQL5.6版本（InnoDB1.2.x版本）之后支持全文索引。

2.4 锁

MyISAM：默认使用的是表级锁，不支持行级锁。
InnoDB：支持表级锁和行级锁。

2.5 count

MyISAM： 保存有表的总行数，如果select count() from table;会直接取出出该值。
InnoDB： 没有保存表的总行数，如果使用select count(*) from table；就会遍历整个表，消耗相当大。
在加了wehre条件后，MyISAM和InnoDB处理的方式是一样的。

2.6 外键

MyISAM：不支持。
InnoDB：支持。

其他

参考

《高性能MySQL》
《MySQL技术内幕：InnoDB存储引擎》