1 安装

• 官方下载：https://conda.io/en/latest/miniconda.html
• 清华镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

下载指定版本（以Python3.7 Linux 64-bit为例）

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 按提示进行安装即可

注意：最后询问是否将conda加入环境变量时，最好选择no
我的环境变量中设置了PYTHONPATH，使用Python时会从PYTHONPATH中搜寻包，可以在使用conda或conda安装的Python包时，先取消PYTHONPATH

unset PYTHONPATH
/path/to/conda/bin/fastq ...

2 配置

添加channels(镜像源)

# 官方
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
# 清华大学
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
# 腾讯（貌似挂了）
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/bioconda/

PS: —add/—prepend 添加到开头（优先级高） —append 添加到结尾（优先级低）

查看channels

conda config --get channels    # 后添加的优先级高

conda config --show channels

cat ~/.condarc   # 配置文件

删除channels

conda config --remove channels bioconda

3 常用命令

# 显示已安装
conda list
# 更新
conda update <name>
# 卸载
conda remove <name>

查询/安装

# 默认查询
conda search <name>
# 模糊查询
conda search '*scikit'
# 指定版本
conda search 'numpy>=1.12'
conda install gatk==3.8
# 指定channel
conda search conda-forge::numpy
conda search gatk -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

4 虚环境

类似于Python的virtualenv

创建环境

conda create -n py3 python==3.7.4

查看环境

conda3 env list
# or
conda3 info --envs

进入指定环境

conda activate py3
conda install ...

退出环境

conda deactivate