一篇NLRP3泛癌分析的生信文章里自定义了一个包含30个基因的基因集,然后跑了ssGSEA
之前尝试过自己在excel里生成基因集,然后直接把后缀改成gmt 但是失败了
这次突然来了灵感,在excel里先做好基因集,保存为csv,然后直接改后缀成gmt,再打开gmt,把分隔符改成按逗号分隔
完美~
ssGSEA 代码:
library(GSEABase)
library(GSVA)
gmt <- getGmt("import/NLRP2_inflammasome_ssGSEA.gmt")
load("Rdata/ACC/expdata.Rdata")
exp <- expdata
es_max <- gsva(log2(edgeR::cpm(exp)+1),gmt,
method = "ssgsea" ,
mx.diff=F, verbose=T, parallel.sz=8)