1. install.packages("BiocManager")
    2. install.packages("devtools")
    3. install.packages("tidyverse")
    4. install.packages("Seurat")
    5. install.packages("vegan")
    6. install.packages("cowplot")
    7. install.packages("ggnewscale")
    8. install.packages("pheatmap")
    9. install.packages("ape")
    10. install.packages("car")
    11. install.packages("nycflights13")
    12. install.packages("patchwork")
    13. install.packages("harmony")
    15. BiocManager::install("SingleCellExperiment")
    16. BiocManager::install("scater")
    17. BiocManager::install("SingleR")
    18. BiocManager::install("celldex")
    19. BiocManager::install("ggsci")
    20. BiocManager::install("ggtree")
    21. BiocManager::install("ggtreeExtra")
    22. BiocManager::install("phyloseq")
    23. BiocManager::install("treeio")
    24. BiocManager::install("glmGamPoi")
    25. BiocManager::install("MAST")
    27. #SingleR数据库
    28. MonacoImmuneData()
    29. HumanPrimaryCellAtlasData() 
    30. BlueprintEncodeData() 
    31. MouseRNAseqData() 
    32. ImmGenData() 
    33. DatabaseImmuneCellExpressionData()
    34. #安装SeuratData, 整合了很多单细胞数据集, 使用AvailableData()可以查看数据集
    35. devtools::install_github('satijalab/seurat-data')
    36. #library(SeuratData)
    37. #查看数存在的据集
    38. #AvailableData()
    39. #安装某一数据集
    40. #InstallData("ifnb")
    • **BiocManager::install("celldex")**

    报错处理

    1. vendor/boost/math/tools/config.hpp:408:13: fatal error: boost/detail/fenv.hpp: No such file or direc
    2. #解决办法
    3. #原因 是因为RSQLite报错
    4. conda install -c conda-forge boost-cpp