使用circle-map软件鉴定所有样品中的eccDNA，然后使用featurecount软件计算跨Breakpoint的reads数，作为该eccDNA的原始表达值，包括图3中红色所示reads（split reads）和蓝色所示reads（discordant read pair）。使用DESeq2 R包对原始count数进行标准化，并使用bedtools软件进行eccDNA蛋白质编码基因和非编码基因注释。
    3.2 eccDNA表达谱 - 图1
    图3. eccDNA支持证据

    EccDNAid A1(raw) … B3(raw) A1 (norm) … B3 (norm) gene_name
    chr1:1245571-1246304 1 … 12 1.5 … 3.24 TSPAN6
    GeneID description Pathway GO-BP GO-CC GO-MF
    7105 tetraspanin 6 … GO:0043123 GO:0016021 GO:0005515

    表4. eccDNA表达谱
    各列说明：
    eccDNAid：eccDNA的id，由染色体，起始坐标，终止坐标组成
    A1-B3(raw)：跨break point的原始reads数
    A1-B3(norm)：跨break point的标准化reads数
    gene_name：eccDNA相关基因的名字
    strand：eccDNA相关基因的转录方向
    biotype：基因类型，protein_coding：蛋白质编码基因；lncRNA：长链非编码RNA
    GeneID：eccDNA相关基因的entrez gene id
    Synonyms：eccDNA相关基因的别名
    dbXrefs：eccDNA相关基因在其他数据库中的名字
    chromosome，map_location：eccDNA相关基因的染色体及位置
    description：eccDNA相关基因的描述
    GO-BP：基因相关GO biological process term ID及名字
    GO-CC：基因相关GO cellular component term ID及名字
    GO-MF：基因相关GO molecular function term ID及名字