KEGG pathway将基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学中的分子数据集映射到通路图上，以进行这些分子的生物学功能解释。我们使用clusterProfiler R包对差异表达eccDNA来源基因进行通路富集分析，并推断eccDNA参与的信号通路。

    ID Description GeneRatio BgRatio pvalue p.adjust qvalue geneID Count
    hsa04650 Natural killer cell mediated cytotoxicity 11/93 136/5894 0.0001 0.002 0.0009 ZAP70 11

    表8. 差异表达eccDNA来源基因pathway分析结果

    各列说明：
    ID：KEGG ID
    Description：KEGG ID的描述
    GeneRatio：输入基因和特定KEGG ID中所包含的基因共有的基因个数 / 总的输入基因个数
    BgRatio：特定KEGG ID中所包含的基因个数 / 背景基因个数（即数据库中的全部基因）
    pvalue：特定KEGG ID的富集p值
    p.adjust：调整的p值（默认BH算法）
    qvalue：特定KEGG ID的富集q值
    GeneID：输入基因和特定KEGG ID中所包含的基因共有的基因名字
    Count：输入基因和特定KEGG ID中所包含的基因共有的基因个数

    我们提供了以p<=0.05为显著条件的富集结果（sig.xlsx），top10条目的条形图（barplot）、气泡图（dotplot）和Pathway map等图。
    并且提供了不设置阈值过滤的总结果（    all.xlsx），以供参考。

    3.9 差异表达eccDNA来源基因的KEGG通路富集分析 - 图1
    图11. top 10显著富集的pathway条目bar图
    3.9 差异表达eccDNA来源基因的KEGG通路富集分析 - 图2
    图12. top 10显著富集的pathway条目dot图
    3.9 差异表达eccDNA来源基因的KEGG通路富集分析 - 图3
    图13. Pathway map。颜色根据eccDNA的上下调表征。
    红色表示上调eccDNA来源基因上调，绿色表示下调eccDNA来源基因下调