基因本体论（Gene Ontology，GO）计划（http://www.geneontology.org）为注释基因、基因产物和序列开发了一套结构化的、受控词汇表。它被分成3个部分：分子功能（Molecular Function，MF）、生物过程（Biological Process，BP）和细胞组分（Cell Component，CC）。我们使用clusterProfiler R包对差异表达eccDNA来源基因进行GO功能富集分析，以注释并推测这些eccDNA的功能。

    ID Description GeneRatio BgRatio pvalue p.adjust qvalue geneID Count
    GO:0042110 T cell activation 26/272 483/18866 8.97E-09 2.7E-05 2.56-05 CD6 26

    表7. 差异表达eccDNA来源基因GO分析结果
    各列说明：
    ID：GO term ID
    Description：GO term的描述
    GeneRatio：输入基因和特定GO term中所包含的基因共有的基因个数 / 总的输入基因个数
    BgRatio：特定GO term中所包含的基因个数 / 背景基因个数（即数据库中的全部基因）
    pvalue：特定GO term的富集p值
    p.adjust：调整的p值（默认BH算法）
    qvalue：特定GO term的富集q值
    GeneID：输入基因和特定GO term中所包含的基因共有的基因名字
    Count：输入基因和特定GO term中所包含的基因共有的基因个数

    我们提供了以p<=0.05为显著条件的富集结果（sig.xlsx），top10条目的条形图（barplot）、气泡图（dotplot）和三合一图等图。
    并且提供了不设置阈值过滤的总结果（    all.xlsx），以供参考。
    3.8 差异表达eccDNA来源基因的GO富集分析 - 图1
    图8. top 10显著富集的GO条目bar图
    3.8 差异表达eccDNA来源基因的GO富集分析 - 图2
    图9. top 10显著富集的GO条目dot图
    3.8 差异表达eccDNA来源基因的GO富集分析 - 图3
    图10. 三合一图