使用DESeq2 R包计算两组样品间的倍数变化和Pvalue，以倍数变化（fold change）>=2.0，Pvalue<=0.05作为差异eccDNA筛选阈值（具体参数查看差异表格header说明）。

    Comparison up Down total
    A_vs_B 1650 1383 3033

    表5. 差异表达统计

    eccDNA_id Fold change log2FoldChange pvalue p.adj Regulation
    chr1:1245571-1246304 5.666826 2.502541 0.011939 0.5396 down
    Gene_name Pathway GO-BP GO-CC GO-MF
    SLC4A1 hsa04966 GO:0006820 GO:0016021 GO:0005452

    表6. 差异表达eccDNAs

    各列说明：
    eccDNAid：eccDNA的id，由染色体，起始坐标，终止坐标组成
    Fold change：两组间的倍数变化
    Log2Foldchange：两组间的倍数变化（log2转化）
    Pvalue：两组间的p值
    Padj：两组间的矫正p值
    Regulation：上调或下调
    A1-B3(raw)：跨break point的原始reads数
    A1-B3(norm)：跨break point的标准化reads数
    Gene_Biotype：基因类型，蛋白质编码基因
    Strand：转录方向
    GeneID：eccDNA相关基因的entrez gene id
    Synonyms：基因别名
    dbXrefs：基因在其他数据库中的名字
    chromosome：基因所在染色体
    map_location：基因所在染色体位置
    Description：基因描述
    pathway：基因相关的通路id及名字
    GO-BP：基因相关GO biological process term ID及名字
    GO-CC：基因相关GO cellular component term ID及名字
    GO-MF：基因相关GO molecular function term ID及名字