1. 问题
    2. 我如何指定一份工作的要求/依赖?
    3. 我应该为软件需求提供什么级别的详细信息?
    4. 目标
    5. 学习如何编写软件需求描述。
    6. 学习如何使用SciCrunch检索所需的工具/版本的唯一标识符。

    通常，工具描述将针对软件的特定版本编写。为了让其他人更容易使用您的描述，您可以在提示部分包括一个SoftwareRequirement字段。这也可以帮助避免混淆描述是为哪个版本的工具编写的。

    1. cwlVersion: v1.0
    2. class: CommandLineTool
    4. label: "InterProScan: protein sequence classifier"
    6. doc: |
    7.       Version 5.21-60 can be downloaded here:
    8.       https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki/HowToDownload
    10.       Documentation on how to run InterProScan 5 can be found here:
    11.       https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki/HowToRun
    13. requirements:
    14.   ResourceRequirement:
    15.     ramMin: 10240
    16.     coresMin: 3
    17.   SchemaDefRequirement:
    18.     types:
    19.       - $import: InterProScan-apps.yml
    21. hints:
    22.   SoftwareRequirement:
    23.     packages:
    24.       interproscan:
    25.         specs: [ "https://identifiers.org/rrid/RRID:SCR_005829" ]
    26.         version: [ "5.21-60" ]
    28. inputs:
    29.   proteinFile:
    30.     type: File
    31.     inputBinding:
    32.       prefix: --input
    33.   applications:
    34.     type: InterProScan-apps.yml#apps[]?
    35.     inputBinding:
    36.       itemSeparator: ','
    37.       prefix: --applications
    39. baseCommand: interproscan.sh
    41. arguments:
    42.  - valueFrom: $(inputs.proteinFile.nameroot).i5_annotations
    43.    prefix: --outfile
    44.  - valueFrom: TSV
    45.    prefix: --formats
    46.  - --disable-precalc
    47.  - --goterms
    48.  - --pathways
    49.  - valueFrom: $(runtime.tmpdir)
    50.    prefix: --tempdir
    53. outputs:
    54.   i5Annotations:
    55.     type: File
    56.     format: iana:text/tab-separated-values
    57.     outputBinding:
    58.       glob: $(inputs.proteinFile.nameroot).i5_annotations
    60. $namespaces:
    61.  iana: https://www.iana.org/assignments/media-types/
    62.  s: https://schema.org/
    63. $schemas:
    64.  - http://schema.org/version/9.0/schemaorg-current-http.rdf
    66. s:license: https://spdx.org/licenses/Apache-2.0
    67. s:copyrightHolder: "EMBL - European Bioinformatics Institute"

    本例中对软件的要求为InterProScan version 5.21-60。

    1. hints:
    2.   SoftwareRequirement:
    3.     packages:
    4.       interproscan:
    5.         specs: [ "https://identifiers.org/rrid/RRID:SCR_005829" ]
    6.         version: [ "5.21-60" ]

    根据您的CWL运行程序，这些提示可用于在作业运行之前检查所需的软件是否安装并可用。要使用参考实现启用这些检查，请使用依赖项解析器配置。
    除了版本号外，工具的唯一资源标识符(URI)也以rid的形式给出。可以在SciCrunch注册表中查找rrid中的资源，该注册表提供了一个门户，用于一致地查找、跟踪和引用科学资源。如果您想指定一个工具作为软件需求，在SciCrunch上搜索这个工具，并使用注册表中指定的rid。(如果你想添加一个工具到SciCrunch，请遵循本教程。)您可以使用这个rid在您的需求描述的specs字段中引用该工具(通过identifiers.org)。其他好的选择(按偏好顺序)包括主要工具引用的DOI和工具的URL。