1. 问题
    2. 如何将多个工作流连接在一起?
    3. 目标
    4. 学习如何从多个CWL工作流描述构建嵌套工作流。

    工作流是将多个工具组合起来执行更大的操作的方法。我们也可以把工作流看作是工具本身;一个CWL工作流可以作为另一个CWL工作流的一个步骤，如果工作流引擎支持子工作流特性需求:

    1. requirements:
    2.   SubworkflowFeatureRequirement: {}

    下面是一个使用1st-workflow.cwl作为一个嵌套的工作流:
    nestedworkflows.cwl

    1. #!/usr/bin/env cwl-runner
    3. cwlVersion: v1.0
    4. class: Workflow
    6. inputs: []
    8. outputs:
    9.   classout:
    10.     type: File
    11.     outputSource: compile/compiled_class
    13. requirements:
    14.   SubworkflowFeatureRequirement: {}
    16. steps:
    17.   compile:
    18.     run: 1st-workflow.cwl
    19.     in:
    20.       tarball: create-tar/tar_compressed_java_file
    21.       name_of_file_to_extract:
    22.         default: "Hello.java"
    23.     out: [compiled_class]
    25.   create-tar:
    26.     in: []
    27.     out: [tar_compressed_java_file]
    28.     run:
    29.       class: CommandLineTool
    30.       requirements:
    31.         InitialWorkDirRequirement:
    32.           listing:
    33.             - entryname: Hello.java
    34.               entry: |
    35.                 public class Hello {
    36.                   public static void main(String[] argv) {
    37.                       System.out.println("Hello from Java");
    38.                   }
    39.                 }
    40.       inputs: []
    41.       baseCommand: [tar, --create, --file=hello.tar, Hello.java]
    42.       outputs:
    43.         tar_compressed_java_file:
    44.           type: File
    45.           streamable: true
    46.           outputBinding:
    47.             glob: "hello.tar"

    CWL工作流可以像命令行工具一样作为一个步骤使用，它的CWL文件包含在run中。然后，工作流输入(inp和ex)和输出(classout)可以被映射为步骤的输入/输出。

    1. compile:
    2.     run: 1st-workflow.cwl
    3.     in:
    4.       inp:
    5.         source: create-tar/tar
    6.       ex:
    7.         default: "Hello.java"
    8.     out: [classout]

    我们1st-workflow.cwl是用工作流输入参数化的，所以在运行它时，我们必须提供一个作业文件来表示tar文件和*.java文件名。这通常是最佳实践，因为这意味着它可以在多个父工作流中重用，甚至在同一个工作流中的多个步骤中重用。
    这里我们使用default:来硬编码“Hello”。作为ex输入，我们的工作流程也需要一个在inp的tar文件，我们将在create-tar步骤中准备它。在这一点上，重构第一个工作流可能是个好主意。使cwl具有更具体的输入/输出名称，因为这些名称也在其作为工具使用时出现。
    还可以采用不那么通用的方法，避免作业文件中的外部依赖关系。因此，在这个工作流中，我们可以在将其添加到tar文件之前，使用前面提到的InitialWorkDirRequirement需求生成一个硬编码的Hello.java文件。

    1. create-tar:
    2.     requirements:
    3.       InitialWorkDirRequirement:
    4.         listing:
    5.           - entryname: Hello.java
    6.             entry: |
    7.               public class Hello {
    8.                 public static void main(String[] argv) {
    9.                     System.out.println("Hello from Java");
    10.                 }
    11.               }

    在这种情况下，我们的步骤可以假设Hello.java，而不是参数化，所以只要CWL工作流引擎支持shellcommandrequire，我们就可以使用更简单的参数形式:

    1.  run:
    2.     class: CommandLineTool
    3.     requirements:
    4.       ShellCommandRequirement: {}
    5.     arguments:
    6.       - shellQuote: false
    7.         valueFrom: >
    8.           tar cf hello.tar Hello.java

    注意这里使用了shellQuote: false，否则shell会尝试执行带引号的二进制文件”tar cf hello.tar Hello.java”。
    这里的>块意味着换行符被剥离，因此可以在多行中编写单个命令。类似地，我们上面使用的|将保留换行符，并与shellcommandrerequirement相结合，这将允许嵌入shell脚本。不过，在CWL中应该少用Shell命令，因为这意味着你“跳出”了工作流，不再获得可重用的组件、来源或可伸缩性。为了再现性和可移植性，建议只使用带有DockerRequirement提示的shell命令，这样命令就可以在可预测的shell环境中执行。
    你是否注意到我们没有将tar cf工具分割成一个单独的文件，而是将其嵌入到CWL工作流文件中?这通常不是最佳实践，因为工具无法重用。在本例中这样做的原因是，命令行是用文件名硬编码的，这些文件名只在此工作流中有意义。
    在本例中，我们必须在外部准备一个tar文件，但这只是因为我们的内部工作流被设计为将其作为输入。对内部工作流更好的重构是采用一个要编译的Java文件列表，这将简化其在其他工作流中作为工具步骤的使用。
    嵌套工作流是一个强大的特性，可以生成更高级的功能和可重用的工作流单元——但就像创建CWL工具描述一样，必须注意提高它在多个工作流中的可用性。