1. 问题
    2. 如何将工具连接到一个工作流中?
    3. 目标
    4. 学习如何从多个CWL工具描述中构建工作流。

    这个工作流从tar文件中提取java源文件，然后编译它。
    1st-workflow.cwl

    1. #!/usr/bin/env cwl-runner
    3. cwlVersion: v1.0
    4. class: Workflow
    5. inputs:
    6.   tarball: File
    7.   name_of_file_to_extract: string
    9. outputs:
    10.   compiled_class:
    11.     type: File
    12.     outputSource: compile/classfile
    14. steps:
    15.   untar:
    16.     run: tar-param.cwl
    17.     in:
    18.       tarfile: tarball
    19.       extractfile: name_of_file_to_extract
    20.     out: [extracted_file]
    22.   compile:
    23.     run: arguments.cwl
    24.     in:
    25.       src: untar/extracted_file
    26.     out: [classfile]

    在单独的文件中使用YAML或JSON对象来描述运行的输入:
    1st-workflow-job.yml

    1. tarball:
    2.   class: File
    3.   path: hello.tar
    4. name_of_file_to_extract: Hello.java

    调用 cwl-runner :

    1. $ echo "public class Hello {}" > Hello.java && tar -cvf hello.tar Hello.java
    2. $ cwl-runner 1st-workflow.cwl 1st-workflow-job.yml
    3. [job untar] /tmp/tmp94qFiM$ tar --create --file /home/example/hello.tar Hello.java
    4. [step untar] completion status is success
    5. [job compile] /tmp/tmpu1iaKL$ docker run -i --volume=/tmp/tmp94qFiM/Hello.java:/var/lib/cwl/job301600808_tmp94qFiM/Hello.java:ro --volume=/tmp/tmpu1iaKL:/var/spool/cwl:rw --volume=/tmp/tmpfZnNdR:/tmp:rw --workdir=/var/spool/cwl --read-only=true --net=none --user=1001 --rm --env=TMPDIR=/tmp java:7 javac -d /var/spool/cwl /var/lib/cwl/job301600808_tmp94qFiM/Hello.java
    6. [step compile] completion status is success
    7. [workflow 1st-workflow.cwl] outdir is /home/example
    8. Final process status is success
    9. {
    10.   "compiled_class": {
    11.     "location": "/home/example/Hello.class",
    12.     "checksum": "sha1$e68df795c0686e9aa1a1195536bd900f5f417b18",
    13.     "class": "File",
    14.     "size": 416
    15.   }
    16. }

    cwlVersion字段表示文档使用的CWL规范的版本。class字段表示本文档描述了一个工作流。

    1. cwlVersion: v1.0
    2. class: Workflow

    输入部分描述了工作流的输入。这是输入参数列表，其中每个参数由一个标识符和一个数据类型组成。这些参数可以用作特定工作流步骤的输入源。

    1. inputs:
    2.   tarball: File
    3.   name_of_file_to_extract: string

    输出部分描述工作流的输出。这是一个输出参数列表，其中每个参数由一个标识符和一个数据类型组成。outputSource将编译步骤的输出参数类文件连接到工作流输出参数compiled_class。

    1. outputs:
    2.   compiled_class:
    3.     type: File
    4.     outputSource: compile/classfile

    steps部分描述了工作流的实际步骤。在本例中，第一步是从tar文件中提取文件，第二步使用java编译器从第一步编译文件。工作流步骤不一定按照列出的顺序运行，而是由步骤之间的依赖关系(使用source)确定顺序。此外，不相互依赖的工作流步骤可以并行运行。
    第一步，untar运行tar-param.cwl(在前面的参数引用中描述)。该工具有两个输入参数tarfile和extractfile，以及一个输出参数extracted_file。
    工作流步骤的in部分使用source将这两个输入参数连接到工作流的输入，tarball和name_of_file_to_extract。这意味着，当执行工作流步骤时，分配给tarball和name_of_file_to_extract的值将被用于参数tarfile和extractfile，以便运行工具。
    工作流步骤的out部分列出了期望从工具中得到的输出参数。

    1. compile:
    2.     run: arguments.cwl
    3.     in:
    4.       src: untar/extracted_file
    5.     out: [classfile]

    第二步编译依赖于第一步的结果，即使用untar/extracted_file将输入参数src连接到untar的输出参数。此步骤类文件的输出连接到上述工作流的输出部分。