1. 问题
    2. 我如何在Docker容器内运行工具?
    3. 目标
    4. 了解如何在完全受控的运行时中调用工具。

    Docker容器为软件及其依赖提供了一个完整的运行环境，从而简化了软件安装。然而，容器也被有意地与主机系统隔离，因此为了在Docker容器中运行工具，需要额外的工作来确保输入文件在容器中可用，输出文件可以从容器中恢复。CWL运行器可以自动执行这项工作，允许你使用Docker来简化你的软件管理，同时避免调用和管理Docker容器的复杂性。
    CWL运行器的职责之一是调整输入文件的路径，以反映它们在容器中出现的位置。
    这个例子在Docker容器中运行一个简单的Node.js脚本，然后将” Hello World “打印到标准输出。
    docker.cwl

    1. #!/usr/bin/env cwl-runner
    3. cwlVersion: v1.0
    4. class: CommandLineTool
    5. baseCommand: node
    6. hints:
    7.   DockerRequirement:
    8.     dockerPull: node:slim
    9. inputs:
    10.   src:
    11.     type: File
    12.     inputBinding:
    13.       position: 1
    14. outputs:
    15.   example_out:
    16.     type: stdout
    17. stdout: output.txt

    docker-job.yml

    1. src:
    2.   class: File
    3.   path: hello.js

    在我们运行它之前，让我们先把它分解一下，看看其中一些能做什么。大部分内容已经在前面的章节中解释过了，唯一的新部分是dockerRequirement部分。

    1. baseCommand: node
    2. hints:
    3.   DockerRequirement:
    4.     dockerPull: node:slim

    baseCommand:node告诉CWL我们将在一个容器中运行这个命令。然后，我们需要为如何找到我们想要的容器指定一些hints。在这个例子中，我们只在DockerRequirements中列出了我们对docker容器的要求。dockerPull:参数的值与你运行docker pull命令的参数值相同。也就是说，容器映像的名称(您甚至可以指定标记，在使用容器进行可重现性研究时，这是最佳实践的好主意)。在本例中，我们使用了名为node:slim的容器。

    1. $ echo "console.log(\"Hello World\");" > hello.js
    2. $ cwl-runner docker.cwl docker-job.yml
    3. [job docker.cwl] /tmp/tmpgugLND$ docker \
    4.     run \
    5.     -i \
    6.     --volume=/tmp/tmpgugLND:/var/spool/cwl:rw \
    7.     --volume=/tmp/tmpSs5JoN:/tmp:rw \
    8.     --volume=/home/me/cwl/user_guide/hello.js:/var/lib/cwl/job369354770_examples/hello.js:ro \
    9.     --workdir=/var/spool/cwl \
    10.     --read-only=true \
    11.     --user=1000 \
    12.     --rm \
    13.     --env=TMPDIR=/tmp \
    14.     --env=HOME=/var/spool/cwl \
    15.     node:slim \
    16.     node \
    17.     /var/lib/cwl/job369354770_examples/hello.js > /tmp/tmpgugLND/output.txt
    18. [job docker.cwl] completed success
    19. {
    20.     "example_out": {
    21.         "location": "file:///home/me/cwl/user_guide/output.txt",
    22.         "basename": "output.txt",
    23.         "class": "File",
    24.         "checksum": "sha1$648a6a6ffffdaa0badb23b8baf90b6168dd16b3a",
    25.         "size": 12,
    26.         "path": "/home/me/cwl/user_guide/output.txt"
    27.     }
    28. }
    29. Final process status is success
    30. $ cat output.txt
    31. Hello World

    注意，CWL运行器构造了一个Docker命令行来运行脚本。
    在这个例子中，hello.js脚本的路径在容器外部是/home/me/cwl/user_guide/hello.js，而在容器内部是/var/lib/cwl/job369354770_examples/hello.js，这在node命令的调用中得到了反映。