1. 问题
    2. 我如何编写一个简单的命令行工具的CWL描述?
    3. 目标
    4. 学习CWL描述的基本结构。

    最简单的“hello world”程序。它接受一个输入参数，将消息写入终端或作业日志，并且不会产生永久输出。CWL文档是用JSON或YAML编写的，或者两者的混合。我们将在本指南中使用YAML。如果您不熟悉YAML，您可能会发现参考这个快速教程来了解在CWL中使用的YAML子集是有帮助的。
    首先，创建一个名为First -tool.cwl的文件，包含下面的方框文本。它将帮助您使用一个文本编辑器，可以指定它来生成YAML或JSON格式的文本。无论你使用什么文本编辑器，你看到的缩进都不应该使用制表符创建。
    1st-tool.cwl

    1. #!/usr/bin/env cwl-runner
    2. cwlVersion: v1.0
    3. class: CommandLineTool
    4. baseCommand: echo
    5. inputs:
    6.   message:
    7.     type: string
    8.     inputBinding:
    9.       position: 1
    10. outputs: []

    接下来，创建一个名为echo-job.yml的文件，它将描述运行的输入:
    echo-job.yml

    1. message: Hello world!

    现在，调用cwl-runner命令调用1st-tool.cwl和输入文件echo-job.yml。该命令是cwl-runner 1st-tool.cwl echo-job.yml。下面框出的文本显示了这个命令和预期的输出。

    1. $ cwl-runner 1st-tool.cwl echo-job.yml
    2. [job 1st-tool.cwl] /tmp/tmpmM5S_1$ echo \
    3.     'Hello world!'
    4. Hello world!
    5. [job 1st-tool.cwl] completed success
    6. {}
    7. Final process status is success

    cwl-runner 1st-tool.cwl echo-job.yml是使用CWL时经常遇到的一般形式的示例。命令的格式为：

    1. cwl-runner [tool-or-workflow-description] [input-job-settings]

    我们现在来分解1st-tool.cwl内容：

    1. cwlVersion: v1.0
    2. class: CommandLineTool

    cwlVersion字段表示文档使用的CWL规范的版本。
    class字段表示本文档描述的是命令行工具。

    1. baseCommand: echo
    2. bascommand提供了将要实际运行的程序的名称(echo)。echo是bash和C shell中的内置程序。
    3. inputs:
    4.   message:
    5.     type: string
    6.     inputBinding:
    7.       position: 1

    inputs部分描述了工具的输入。这是输入参数的映射列表(有关格式的更多信息，请参阅YAML指南)，每个参数包括一个标识符、一个数据类型，还有一个可选的inputBinding。inputBinding描述了这个输入参数应该如何出现在命令行中。在本例中，position字段指示它应该出现在命令行中的位置。

    1. outputs: []

    这个工具没有正式的输出，因此输出部分是一个空列表。