Java平台的许多实现都依赖于分层文件系统来管理源文件和类文件，尽管Java语言规范并不要求这样做。该策略如下。
将类，接口，枚举或注解类型的源代码放在文本文件中，该文件的名称为该类型的简单名称，扩展名为.java。例如：

  1. //in the Rectangle.java file 
  2. package graphics;
  3. public class Rectangle {
  4.    ... 
  5. }

然后，将源文件放在一个目录中，该目录的名称反映该类型所属的软件包的名称：

  1. .....\graphics\Rectangle.java

假定Microsoft Windows文件名分隔符为反斜杠（对于UNIX，请使用正斜杠），则包成员的限定名称和文件的路径名是平行的。

  • 类名 –graphics.Rectangle
  • 文件的路径名 –graphics\Rectangle.java

您应该记得，按照惯例，公司将其反向Internet域名用作其程序包名称。Internet域名为example.com的Example公司将在其所有程序包名称之前添加com.example。软件包名称的每个组成部分都对应一个子目录。因此，如果Example公司的com.example.graphics软件包中包含Rectangle.java源文件，则它将包含在一系列子目录中，如下所示：

  1. ....\com\example\graphics\Rectangle.java

编译源文件时，编译器会为其中定义的每种类型创建一个不同的输出文件。输出文件的基本名称是类型的名称，其扩展名是.class。例如，如果源文件是这样的

  1. //in the Rectangle.java file
  2. package com.example.graphics;
  3. public class Rectangle {
  4.       . . . 
  5. }
  7. class Helper{
  8.       . . . 
  9. }

那么编译后的文件将位于：

  1. <path to the parent directory of the output files>\com\example\graphics\Rectangle.class
  2. <path to the parent directory of the output files>\com\example\graphics\Helper.class

像.java源文件一样，编译后的.class文件应位于反映软件包名称的一系列目录中。但是，.class文件的路径不必与.java源文件的路径相同。您可以按以下方式分别排列源目录和类目录：

  1. <path_one>\sources\com\example\graphics\Rectangle.java
  3. <path_two>\classes\com\example\graphics\Rectangle.class

这样，您可以将classes目录提供给其他程序员，而无需透露您的来源。您还需要以这种方式管理源文件和类文件，以便编译器和Java虚拟机（JVM）可以找到程序使用的所有类型。
classes目录的完整路径<path_two>\classes称为类路径，并使用CLASSPATH系统变量设置。编译器和JVM都通过将包名称添加到类路径来构造.class文件的路径。例如，如果

  1. <path_two>\classes

是您的类路径，包名称是

  1. com.example.graphics,

然后编译器和JVM查找.class文件在

  1. <path_two>\classes\com\example\graphics.

类路径可能包含多个路径，以分号（Windows）或冒号（UNIX）分隔。默认情况下，编译器和JVM搜索当前目录和包含Java平台类的JAR文件，以便这些目录自动出现在您的类路径中。

设置CLASSPATH系统变量

要显示当前CLASSPATH变量，请在Windows和UNIX（Bourne shell）中使用以下命令：

  1. In Windows:   C:\> set CLASSPATH
  2. In UNIX:      % echo $CLASSPATH

要删除CLASSPATH变量的当前内容，请使用以下命令：

  1. In Windows:   C:\> set CLASSPATH=
  2. In UNIX:      % unset CLASSPATH; export CLASSPATH

要设置CLASSPATH变量，请使用以下命令（例如）：

  1. In Windows:   C:\> set CLASSPATH=C:\users\george\java\classes
  2. In UNIX:      % CLASSPATH=/home/george/java/classes; export CLASSPATH