R语言,Rstudio, R包安装
安装教程在下面
https://mp.weixin.qq.com/s/5os5ypzaJVbmNZrVoQmOzg
注意点:关闭自己的onedrive云,新手推荐全部默认安装(next到底,最好选英文语言,版本选择最新的即可,不必完全和教程一样!!!!!!!)
没装过r的大家注意:电脑用户名最好为英文,中文可能出现无法装包的情形,安装路径要为英文,不要出现安装在C:/中文小明的情况
装包教程见文件夹下装包.html文件!!
观看配套预习视频讲解
从xena UCSC下载GDC TCGA表达矩阵,整理为mRNA矩阵,同时下载生存信息
https://www.jianshu.com/p/91868ec7cd23
https://xenabrowser.net/datapages/?cohort=GDC%20TCGA%20Stomach%20Cancer%20(STAD)&removeHub=https%3A%2F%2Fxena.treehouse.gi.ucsc.edu%3A443&removeHub=https%3A%2F%2Fxena.treehouse.gi.ucsc.edu%3A443)
TCGAmRNA的CIBERSORT分析,获得TCGA的CIBERORT分析,文件夹下出现CIBERSORT-results.txt文件请参照视频完成
GEO芯片数据整理(为了服务于验证集)
根据预习视频和文件夹中推荐所有科研民工掌握的GEO数据库ID转换,做好一个GEO芯片数据的ID转换。转换为标准的表达矩阵
练习几个自己的芯片/测序数据,仔细体会数据整理的重点
CIBERSORT分析GEO芯片,得到验证集的免疫浸润比例。记得重命名,CIBERSORT-results.txt是TCGA的,-GEO是GEO的,不要混淆!
