聚焦单细胞,进入scRNA子文件夹,下载癌肿单细胞数据。读取单细胞数据分两种:普通表达矩阵的txt文件(即行列名已经整理好)和三联文件(barcodes,features,matrix的标准三联文件,分别储存细胞标签,基因和长表达矩阵)。前者可参照本案例视频,三联文件可参照网盘对应新增文件夹“如何读取单细胞三联文件和singleR”放置文件和读取。
如果从未运行过单细胞的同学建议先运行示例数据过一遍流程!
单细胞注释分手动注释和singleR自动注释。手动注释请参看本案例,singleR自动注释请参看“如何读取单细胞三联文件和singleR”的视频和代码中singleR的段落
将GPR基因构建成list,进行单细胞每个细胞亚群的评分,观察那一细胞亚群评分最高。例如发现CD8T细胞的GPR评分最高,说明CD8T细胞的GPR最用最明显,进而根据GPR评分,将CD8T细胞分成高GPR的CD8,低GPR的CD8。使用cellchat细胞通讯(选作内容),探究高低GPR组的CD8T细胞在细胞通讯方面有何差异。即探究GPR到底是如何影响CD8T细胞的。
同理,如果得到某评分是巨噬细胞最高,则讲巨噬细胞分为high评分组和low评分组,探究通讯的差异。
