day3聚焦通路和富集分析。首先比较GPRscore高低组和TMEscore高低组分别的GSEA通路(这部分内容与day1,day2的内容是穿插的)。由于day2获得了4型,使用WGCNA模块分析获得4型各自的标志模块,使用metascape进行可视化。
接下来,我们将4型的中间两型变成mixed型,从而构成high-low,mixed,和low-high型,这是为了更好的区分,避免过多的分组,’GPR_TME_combined_group.Rdata’是保存的一个关键文件。使用FGSEA获得3型各自参与的通路,抽取20个作热图。
使用TIP数据库可视化三型的免疫全局通路的差异。
注意内容的穿插性,所以需及时复习整体思路和记住之前的工作。注意:分成三型后的生存可以用下图进行可视化
