conda安装

  1. #由一个多序列fasta文件系统抽样产生多个fasta文件
  2. fas = {}
  3. id = None
  4. #culledpdb.fasta.txt是从dunbrack lab的pisces工具拉出来的对uniprot进行去冗余后的一个fasta文件 
  5. #sorted_id_len.txt也是，但只包含了序列长度和id号，用excel对序列排序了一遍
  6. with open('culledpdb.fasta.txt', 'r') as fh,open('sorted_id_len.txt','r')as fi:
  7.     for line in fh:
  8.         if line[0] == '>':
  9.             header = line[1:].rstrip()
  10.             id = header.split()[0]
  11.             fas[id] = ['>'+id+'\n']
  12.         else:
  13.             fas[id].append(line)
  14.     for id, seq in fas.items():
  15.         fas[id] = ''.join(seq)
  16. #print(fas['3H05A'])
  17.     lines = fi.readlines()
  18.     for i in range(57,len(lines),115):
  19.         with open ('%s.fasta' % lines[i].split()[0],'w' ) as fws:
  20.             fws.write(fas[lines[i].split()[0]])
  22. #以下是安装hhblits，前提保证自己的家目录里面已安装conda
  23. #创建并切换到软件安装目录
  24. mkdir ~/software/hhsuite
  25. cd ~/software/hhsuite
  26. #创建一个新环境‘hhblits’，并安装hhsuite
  27. conda create -n hhblits -c conda-forge -c bioconda hhsuite
  28. #下载数据库，以BFD为例，很大所以-b放后台，-c断点续传
  29. mkdir ~/software/hhsuite/databases
  30. cd ~/software/hhsuite/databases
  31. wget -b -c -O bfd.tar.gz https://bfd.mmseqs.com/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt.tar.gz
  32. #解压数据库,nohup连用&放后台解压，标准输出到tar.log
  33. nohup tar -xzvf bfd.tar.gz >tar.log 2>&1 &
  34. #完成后，运行hhblits，使用单一序列.fasta搜索出其MSA
  35. conda activate hhblits
  36. hhblits -i query.fasta -o3am query.a3m -d ~/software/hhsuite/databases/bfd
  37. #若是有多个单一序列fasta文件需要运行可使用如下shell,database改成自己的，test100里放了100个fasta
  38. (base) [YangSY@mgt ~]$ vim test.sh
  39. #! /bin/sh
  40. for x in $(ls ~/test100)
  41. do
  42.         hhblits -i ~/test100/$x -o ~/hh_output/"$x".hhr -d ~/databases/scop40
  43. done
  44. #或者写成一行命令
  45. for x in $(ls ~/test100); do hhblits -i ~/test100/$x -o ~/hh_output/"$x".hhr -d ~software/hhsuite/databases/scop40; done
  46. #运行sh并查看时间,输出到time.txt
  47. /usr/bin/time -o time.txt test.sh

源代码编译

首先：github下载原代码，尽量新的，放到服务器解压，cd到解压后的目录

  1. mkdir build && cd build
  2. # 这一步需要加载mpi module，学校hpc的话可以 module add mpi/openmpi/4.0.1/gnu/8.3.0
  3. cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..
  4. make -j 4 && make install
  5. export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH" #只保证在当前终端有效，并没有写进文件
  6. # 不写环境路径的话，可以cd到build下使用，将命令的hhblits换成./bin/hhblits，后面接 -i -o什么的

参照
hh-suite user guide 链接
hh-suite github 链接
hh-suite issues 链接