每天一个linux命令
Bash 的基本语法

  • 查看最近进程top,查看root用户的进程top -u root
  • 查看cpu信息lscpu 链接
  • 查看文件夹大小du -sh dirname ，除去某些文件夹或文件du -sh plassout_new/less500_1 --exclude='tmp_*'，统计底下子文件夹大小du -h plassout/ --max-depth=1 ，按照文件大小排序du -hs * --exclude='tmp_*'| sort -rh | head -n 10参考 Link
  • 合并多个文本文件cat 1.txt 2.txt > all.txt，可以用`cat seq.txt > all.txt`
  • 移动文件或目录mv bfd/ database/,可以直接移目录而无需加参数
  • 重命名文件mv 1.txt 2.txt,将1改成2。
  • 删除文件rm 1.txt，删除文件夹rm -rf bfd/，-r表示乡下递归删除，-f表示强行删除，慎用！！
  • 复制文件cp 1.txt text/,复制文件夹cp -r dir1/ dir2/，将dir1复制到dir2下，若dir2不存在则是重命名dir1变成dir2。
  • 压缩.gz 不保留源文件gzip filename，保留gzip -c file >file.gz，解压缩.gzgzip -d filename.gz
  • 查找字符串grep -C 5 "abc" file，显示file中abc上下五行，并且有行数。grep "^>" 1CR5A.fasta.a3m| wc -l查找这个文件中以字符”>”开头的数目
  • 给权限chmod 777 filename，任何用户都有最高权限。4表读，2表写，1表执行。chmod 754，其他用户只可读。
  • 生成校验文件md5sum file > file.md5，检查md5sum -c file.md5需将被校验的文件放到.md5同一目录。
  • 添加环境变量，编辑~/.bash_profile文件，永久对当前用户生效。末尾加上export PATH="$HOME/software/zsh/bin:$PATH"，意思就是在原本的PATH后面加上zsh软件的路径，$HOME就等于家目录（~），如果在外面输export那句话就只在当前终端有效，换了就没用了。
  • ；、&&、||是什么意思
    • 分号： 顺序地独立执行各条命令， 彼此之间不关心是否失败， 所有命令都会执行。
    • &&：顺序执行，前者成功才执行后者
    • ||：顺序执行，前者失败才执行后者
  • 默认情况下，echo输出的文本末尾会有一个回车符，-n不输出该回车符。-e解释特殊字符如hello\nworld，就可换行输出。更多详见阮一峰bash手册
  • 命令行分多行写只需在前一行末尾加 \
  • %cpuusage = **(usertime + sys_time)/real_time* 100%，分别的意义链接
  • time命令和/usr/bin/time命令。链接。time命令也能输出， (time ls) 2>file 关于shell：如何重定向“time”命令的输出？
  • 查看Linux内核版本uname -srm链接
  • 清除缓存echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches 链接
  • 查看内存缓存等free -h，-h表示human能看懂，-m表示单位mb链接
  • vim命令模式，4w向前4个单词，4b向后四个单词，^首字母，$末尾。

删除所在行dd。删除多行:[start],[end]d，例如.表示当前，$表示最后一行，从当前到末尾都删除
：.,$d，删除当前以下5行5dd，跳到文件链接，链接

  • top命令输出及使用详解。链接。 关于state的D（不可中断的睡眠状态）的解释链接

  • 截取文件部分内容到另一个文件 head -100 filename >a.txt，sed -n '100,200p' filename >a.txt,注意有个p

    删除第N行：sed -i ‘Nd’ filename 删除第M到N行： sed -i ‘M,Nd’ filename sed -e ‘/abc/d’ a.txt // 删除a.txt中含”abc”的行，但不改变a.txt文件本身，操作之后的结果在终端显示 sed -e ‘/abc/d’ a.txt > a.log // 删除a.txt中含”abc”的行，将操作之后的结果保存到a.log sed ‘/abc/d;/efg/d’ a.txt > a.log // 删除含字符串”abc”或“efg”的行，将结果保存到a.log 其中，”abc”也可以用正则表达式来代替。 ———————————————— 版权声明：本文为CSDN博主「realmeh」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。 原文链接：https://blog.csdn.net/realmeh/article/details/16340453

  • vim，:%s/foo/bar/g会在全局范围(%)查找foo并替换为bar，所有出现都会被替换（g） 链接

  • wc -l a.txt,计算a.txt的行数 链接

  • free -h >> free.txt 如果要观察内存问题可以每次跑一个加一行这个，写进txt记录下来统计

    wget下载进度条变成多行显示的解决方法

    1. #因为后面显示的eta太长导致自动换行了。
    2. #注意文件路径是在：/usr/share/locale/zh_CN/LC_MESSAGES/
    3. cd /usr/share/locale/zh_CN/LC_MESSAGES/
    4. #先重命名
    5. mv wget.mo wget.mo.bak
    6. #从重命名后的文件里替换eta(英国中部时间)为ETA，并导出新文件
    7. msgunfmt wget.mo.bak -o - | sed 's/eta(英国中部时间)/ETA/' | msgfmt - -o wget.mo

    但是ssh远程wget还是多行，路径底下也没有wget.mo文件，且在远程那台直接下是单行输出没问题，本机也单行，没解决。

    awk

  • awk ' NR%3==2 { print >> "./mem.txt" } ' free100.txt 提取提取每三行中的第二行，输出到新文件中。awk中间执行的程序用单引号，里面文件什么的用双引号，并且记得{后面接空格，>>代表追加，>单纯重定向。

  • image.png
  • awk获取字符串所在行号 awk '/MGYA00425288/ {print NR}' analysis_URL.txt
  • awk提取时间戳cat test | grep "INFO" | awk 'BEGIN{t=0} {if(NF==3){t+=1;if(t==3){time=$2}else if(t==4){split(time,t1,":");split($2,t2,":");print t2[1]*3600+t2[2]*60+t2[3]-(t1[1]*3600+t1[2]*60+t1[3])};if(t==12){t=0}}}'
  • awk先匹配再{} input=ls ~/test100 | awk ‘ /.fasta$/ {c=c” -i ~/test100/“$0}END{print c}’`` #匹配.fasta结尾的文件名并输出到input,c=c就是最后会有很多个-i
  • 提取文件大小信息 ll part2_3 |awk '{print $9"\t"$5 >> "inputinfo"}'
  • 文件去重 sort filename |uniq
  • [ls](https://link.zhihu.com/?target=https%3A//www.baidu.com/s%3Fwd%3Dls%26tn%3DSE_PcZhidaonwhc_ngpagmjz%26rsv_dl%3Dgh_pc_zhidao) [-l](https://link.zhihu.com/?target=https%3A//www.baidu.com/s%3Fwd%3D-l%26tn%3DSE_PcZhidaonwhc_ngpagmjz%26rsv_dl%3Dgh_pc_zhidao)t | head -n 10 显示最新十个文件
  1. kill -9 $(ps -ef | grep ssh | grep -v grep | awk ‘{print $2}’) #杀死所有ssh进程，例如wget脚本就是这个。杀死bash只是杀掉shell交互壳
  2. mkdir -p runoob2/test，-p就是确保runoob2目录存在，不存在就会建一个，没有-p会报错。
  3. cat /proc/cpuinfo | grep name | cut -f2 -d: | uniq -c查看cpu型号 链接
  4. pbs批量提交作业，用py和sh联用 链接
  5. 对vimrc文件进行注释 话前面加”就可以
  6. 命令行用for for i inls; do echo **"$i\n"**; done
  7. 文件权限，除rwx还有s/t，t可以使一个目录既能够让任何用户写入文档，又不让用户删除这个目录下他人的文档。s即（SUID,Set UID）设置使文件在执行阶段具有文件所有者的权限，相当于临时拥有文件所有者的身份. 典型的文件是passwd. chmod a+s filename，设置t是chmod 1777 directoryname，a是追加权限，i是锁定权限不能改，除非去掉i。Link
  8. less直接跳到100行，less +100g xx.log
  9. ls忽略某些文件或文件夹 ls /path/to/dir -I "*.jpg" -I "*.avi"，-i后面的就忽略Link
  10. create -n protein_bert_bak —clone protein_bert 复制环境，将protein_bert复制一份到protein_bert_bak，跨计算机也可以只要把环境的文件包拷过去 Link
  11. 读某一行数据 head -n 2 filename | tail -n 1就是显示前面两行的最后一行，就是第二行。Link
  12. 将屏幕输出到日志,续写 ls -l | tee -a ./t.log
  13. vim 自动写开头 链接