Node.js 的 require() 函数的语义被设计得足够通用化，可以支持许多合理的目录结构。
包管理器程序（如 dpkg、rpm 和 npm）可以不用修改就能够从 Node.js 模块构建本地包。
以下是一个推荐的目录结构：
假设想要在 /usr/lib/node/<some-package>/<some-version> 目录中保存一个特定版本的包的内容。
包可以依赖于其他包。
为了安装包 foo，可能需要安装一个指定版本的 bar 包。
bar 包也可能有依赖，且在某些情况下，依赖可能有冲突或形成循环。
因为 Node.js 会查找它所加载的模块的实际路径（也就是说会解析符号链接），然后在 node_modules 目录中寻找它们的依赖，这种情况可以使用以下体系结构解决：
/usr/lib/node/foo/1.2.3/-foo包的内容，版本 1.2.3。/usr/lib/node/bar/4.3.2/-foo依赖的bar包的内容。/usr/lib/node/foo/1.2.3/node_modules/bar-/usr/lib/node/bar/4.3.2/的符号链接。/usr/lib/node/bar/4.3.2/node_modules/*-bar所依赖的包的符号链接
因此，即便存在循环依赖或依赖冲突，每个模块还是可以获得它所依赖的包的一个可用版本。
当 foo 包中的代码调用 require('bar')，它会获得符号链接 /usr/lib/node/foo/1.2.3/node_modules/bar 指向的版本。
然后，当 bar 包中的代码调用 require('quux')，它会获得符号链接 /usr/lib/node/bar/4.3.2/node_modules/quux 指向的版本。
此外，为了进一步优化模块查找过程，不要将包直接放在 /usr/lib/node 目录中，而是将它们放在 /usr/lib/node_modules/<name>/<version> 目录中。
这样 Node.js 就不会在 /usr/node_modules 或 /node_modules 目录中查找缺失的依赖。
为了使模块在 Node.js 的 REPL 中可用，可能需要将 /usr/lib/node_modules 目录添加到 $NODE_PATH 环境变量中。
由于在 node_modules 目录中查找模块使用的是相对路径，而调用 require() 的文件是基于实际路径的，因此包本身可以放在任何地方。
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