会议纪要

1.ion type long tail 的问题的解决可以成为我们的优势
2.正常train完后直接apply mask,看看下降了多少的loss,这样去评估model是不是通过mask的方式真正学会了对于不同磷酸化位置的预测。
3.对于加入磷酸化原则结果变差的一个原因可能是加入mask后,模型的supervision减少了,导致模型不能学的更好。
4.但是也有可能是median PCC和median SA这两个metric不敏感,导致不能反映出加入之前和加入之后的差异,所以要去看loss的方式去评估。
5.对于后续肽段鉴定的时候,对于intensity是0的ion的处理
6.如果只预测两列(也就是两种离子),结果会不会好,以此来判断减少模型输出空间对于模型会不会学的更好。

ToDo

1.正常train完后直接apply mask,看看下降了多少的loss
2.如果只预测两列(也就是两种离子),算一下PCC和SA
3.看一下我们的LSTM+Transformer对于长sequence的PCC和SA的预测是不是会更好。
4.询问关于对于后续肽段鉴定的时候,对于intensity是0的ion的处理