linuxserver/foldingathome

[!TIP]

前半部分是翻译官方的文档，最后一部分是我的简单试用（个别软件会深度试用），如果对Docker已经有一定的了解了，可以直接跳转到最后面 翻译之外 这部分来查看。

Folding@home → https://foldingathome.org/

GitHub → https://github.com/linuxserver/docker-foldingathome

Docker Hub → https://hub.docker.com/r/linuxserver/foldingathome

Folding@home 是一个分布式计算项目，用于模拟蛋白质动力学，包括蛋白质折叠的过程以及与多种疾病有关的蛋白质的运动。它汇集了公民科学家，他们自愿在他们的个人计算机上运行蛋白质动力学的模拟。这些数据的洞察力正在帮助科学家更好地了解生物学，并为开发治疗方法提供了新的机会。

支持的系统架构

得益于docker的跨平台属性，我们的镜像也支持多架构（如，x86-64、arm64、armhf）。

直接拉取 ghcr.io/linuxserver/foldingathome 应该就可以自动获取适合你系统架构的版本，当然你也可以通过 tag 获取特定的版本。

架构 Tag
x86-64 latest

拉取镜像

  1. docker pull ghcr.io/linuxserver/foldingathome

使用方法

以下是一些简单的示例。

docker-compose

兼容docker-compose v2

  1. ---
  2. version: "2.1"
  3. services:
  4.   foldingathome:
  5.     image: ghcr.io/linuxserver/foldingathome
  6.     container_name: foldingathome
  7.     environment:
  8.       - PUID=1000
  9.       - PGID=1000
  10.       - TZ=Europe/London
  11.     volumes:
  12.       - /path/to/data:/config
  13.     ports:
  14.       - 7396:7396
  15.       - 36330:36330 #optional
  16.     restart: unless-stopped

docker cli

  1. docker run -d \
  2.   --name=foldingathome \
  3.   -e PUID=1000 \
  4.   -e PGID=1000 \
  5.   -e TZ=Europe/London \
  6.   -p 7396:7396 \
  7.   -p 36330:36330 `#optional` \
  8.   -v /path/to/data:/config \
  9.   --restart unless-stopped \
  10.   ghcr.io/linuxserver/foldingathome

参数

Docker镜像在使用的时候需要配置一些参数，这些参数使用 : 分隔，分别表示 宿主机:容器内。例如 -p 8080:80 指的是将容器内的80端口映射到宿主机上的8080端口，即通过宿主机网络访问的话，访问8080端口即是访问容器内的80端口。

端口（-p）

port 说明
7369 Web界面
36330 （可选）通过 FAHControl 进行远程连接的端口（无密码）

环境变量（-e）

env 说明
PUID=1000 用户的 UID，详见下面的说明
PGID=1000 用户的 GID，详见下面的说明
TZ=Europe/London 设置时区，在国内的话可以使用 Asia/Shanghai

卷映射（-v）

volume 说明
/config 配置文件所在路径

从文件加载环境变量

可以使用前缀名为 FILE__ 的文件来加载环境变量。

例：

  1. -e FILE__PASSWORD=/run/secrets/mysecretpassword

将把 /run/secrets/mysecretpassword 文件中的内容作为 PASSWORD 变量的值。

运行程序的umask（文件掩码）

我们所有的镜像都可以使用 -e UMASK=022 来设置覆盖容器内服务的umask。关于Linux umask可以通过这里了解，或自行百度学习。

UID和GID

当使用 -v 映射卷的时候，宿主机和容器内会出现关于权限的问题，我们的镜像可以通过指定 PUID 和 GUID 来避免此类问题。

可以使用你目前正在使用的用户的UID和GID进行设置，这样就不会存在权限问题。

可以通过如下的方式查看当前用户的UID和GID：

  1.   $ id $user
  2.     uid=1000(dockeruser) gid=1000(dockergroup) groups=1000(dockergroup)

[!NOTE]

如果没特殊需求，可以将后续所有容器的id都设置为当前非root用户的id，这样会省去解决很多关于文件权限的问题（可以查看 什么是PUID和PGID 这篇文章了解更多）。当然，如果有特殊需要可以给不同的容器设置不同的id，即分配给不同的用户。使用 useradd 命令即可添加用户。通常来说，除root账户外，第一个建立的用户的UID和GID都是1000，然后递增生成。

安装说明

镜像将启动 Folding@home 客户端，访问 http://ip:7396 进入界面

内建的web服务器只能进行非常基础的控制（如，GPU只在设置为 Medium 以上时才可用）。如果要进行更多控制，需要在其他设备上用 FAHControl 通过 36330 端口连接（无密码）

web界面有以下几个问题：

  • 如果尝试通过IP访问时收到“ ERR_EMPTY_RESPONSE”错误，则最有可能是由于Cookie /缓存冲突。尝试在放大窗口中打开。
  • 如果您不断刷新窗口但没有显示任何信息，请尝试通过shft-F5或ctrl-F5强制刷新。

GPU硬件加速

Nvidia

Nvidia的硬件加速用户将需要在其主机上安装Nvidia提供的容器运行时，有关说明，请参见：https://github.com/NVIDIA/nvidia-docker。

我们自动添加必要的环境变量，该变量将利用所有主机上GPU上可用的功能。在主机上安装nvidia-docker之后，您将需要使用nvidia容器运行时--runtime = nvidia重新/创建docker容器，并添加环境变量-e NVIDIA_VISIBLE_DEVICES = all（也可以设置为特定GPU的UUID，这可以通过运行nvidia-smi --query-gpu = gpu_name,gpu_uuid --format = csv来获取。 NVIDIA会自动将主机中的GPU和驱动程序安装到foldingathome docker容器中。

支持

  • 进入容器：
    • docker exec -it foldingathome /bin/bash
  • 查看容器日志：
    • docker logs -f foldingathome
  • 查看容器版本号：
    • docker inspect -f '{% raw %}{{% endraw %}{ index .Config.Labels "build_version" }}' foldingathome
  • 查看镜像版本号：
    • docker inspect -f '{% raw %}{{% endraw %}{ index .Config.Labels "build_version" }}' ghcr.io/linuxserver/foldingathome

翻译之外

又是一个科研项目，为科研贡献出自己的一份力吧！