awk

awk输出指定列

awk '{print $0}' file    #打印所有列
awk '{print $1}' file  #打印第一列
awk '{print $1, $3}' file   #打印第一和第三列
cat file | awk '{print $3, $1}'   #打印第三列和第一列，注意先后顺序。
cat file | awk '{print $3, $NF}' #打印第三列和最后一列
awk -F ":" '{print $1, $3}'  #以“:”为分隔符分割列，然后打印第一列和第三列

如果我想打印N列之后的所有列，该怎么办?
去网上查找了一下，答案众多，现收集整理如下：
原理：把不想打印出来的某列或某几列赋值为空，然后打印剩余的列。
打印除了第n列以外其它的列：
awk '{ $n=""; print $0 }' test.txt
打印除了第1至第n列以外的其它列：
awk '{ for(i=1; i<=n; i++){ $i="" }; print $0 }' test.txt
打印第一列和第五列以后的列：
awk -F ',' '{if(NF >= 5) {printf $1"\t"; for(i=5;i<=NF;i++) printf $i;printf "\n"}}' 1.txt > 2.txt

主要参考于：https://blog.csdn.net/imliuqun123/article/details/82978675

AWK使用shell的变量

CpGs_mincov=3
cat file | awk -v mincov=$CpGs_mincov '{if($4+$5>=mincov) print}' >outputfile

注：

• 在awk中变量的引用不需要加 $，而是直接引用；
• awk会自动识别变量是否为数值类型。

NR、FNR、NF、$NF、FS、OFS的说明

一、NR和FNR
1.释义
NR: 表示当前读取的行数
FNR:当前修改了多少行

2.举例
比如现在AWK处理到第五行。第一行没有进行操作，2,3,4,5行进行了操作，那么NR=5,FNR=4
NR==FNR 表示从起始行到当前行，awk都进行了操作，比如修改，添加等等 ；

二、NF和$NF
1.释义
NF:浏览记录的域的个数
$NF: 最后一个列，输出最后一个列的内容
2.举例
[root@vshi-template shell]# pwd
/root/guanyy/scripts/shell
[root@vshi-template shell]# echo $PWD|awk -F/ ‘{print $NF}’
shell
[root@vshi-template shell]# echo $PWD|awk -F/ ‘{print NF}’
5

三、FS和OFS
1.释义
FS:指定列分隔符，当FS为空的时候，awk会把一行中的每个字符，当成一列来处理。
OFS：列输出分隔符