镜像管理

查看已有的镜像（也叫做源）

  1. vim ~/.condarc

添加镜像示例（基本上不会一直可用，国内的镜像可能会不太稳定，国外的镜像下载速度又太慢）

  1. conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  2. conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  3. #Conda Forge
  4. conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  5. #msys2（可略）
  6. conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
  7. #bioconda（可略）
  8. conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  9. #menpo（可略）
  10. conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
  11. #pytorch
  12. conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
  13. # for legacy win-64（可略）
  14. conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/peterjc123/
  15. conda config --set show_channel_urls yes

镜像更新教程：

conda安装软件

已知软件具体名称

  1. conda install [-c 镜像来源] 软件名
  2. conda install [-c 镜像来源] 软件名=软件版本

未知或者模糊记得软件名

  1. $ conda search *methylkit*
  2. Loading channels: done
  3. # Name                       Version           Build  Channel
  4. bioconductor-methylkit          0.99.2        r3.3.1_0  anaconda/cloud/bioconda
  5. bioconductor-methylkit           1.0.0        r3.3.1_0  anaconda/cloud/bioconda
  6. bioconductor-methylkit           1.0.0        r3.3.2_0  anaconda/cloud/bioconda
  7. bioconductor-methylkit           1.0.0        r3.4.1_0  anaconda/cloud/bioconda
  8. bioconductor-methylkit           1.2.4               0  anaconda/cloud/bioconda
  9. bioconductor-methylkit           1.4.0        r3.4.1_0  anaconda/cloud/bioconda
  10. bioconductor-methylkit           1.6.3  r341hfc679d8_0  anaconda/cloud/bioconda
  11. bioconductor-methylkit           1.6.3  r351hfc679d8_0  anaconda/cloud/bioconda
  12. bioconductor-methylkit           1.8.1  r351hf484d3e_0  anaconda/cloud/bioconda
  13. bioconductor-methylkit          1.10.0   r36he1b5a44_1  anaconda/cloud/bioconda
  14. bioconductor-methylkit          1.12.0   r36he1b5a44_0  anaconda/cloud/bioconda
  15. bioconductor-methylkit          1.14.1   r40h5f743cb_0  anaconda/cloud/bioconda
  16. bioconductor-methylkit          1.16.0   r40h5f743cb_0  anaconda/cloud/bioconda
  17. bioconductor-methylkit          1.16.1   r40h399db7b_0  anaconda/cloud/bioconda
  19. # 指定镜像来安装
  20. $ conda install -c bioconda bioconductor-methylkit
  21. 或者指定镜像且指定软件版本
  22. $ conda install -c bioconda bioconductor-methylkit=1.16.1

conda使用技巧

shell脚本内切换conda环境

如何在shell脚本里面切换conda环境？
方法一：source ~/conda.sh（推荐）
参考于：
Can’t execute conda activate from bash script
在shell脚本中切换conda环境
具体步骤：
首先找到conda安装位置

  1. conda info | grep -i 'base environment'

image.png
写一个测试文件：vim test.sh

  1. #!/bin/bash
  2. source /home/user/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
  4. conda activate py2
  5. python --version

运行脚本：bash test.sh

base环境的python版本为3.++，上面脚本里面conda激活的环境“py2”的python版本是2.++，脚本运行后打印
image.png
证明shell脚本内成功切换了conda环境。

方法二：修改conda的配置文件
在shell脚本中激活conda环境