1. 问题
    2. 我如何指定不需要输入值的参数?
    3. 我如何引用运行时参数?
    4. 目标
    5. 了解如何向命令添加额外的选项。
    6. 了解如何引用运行时参数。

    有时，工具需要额外的命令行选项，这些选项与输入参数并不完全对应。
    在本例中，我们将包装Java编译器，以将Java源文件编译为类文件。默认情况下，“javac”将在与源文件相同的目录中创建类文件。然而，CWL输入文件(以及它们所在的目录)可能是只读的，因此我们需要指示“javac”将类文件写入指定的输出目录。
    arguments.cwl

    1. #!/usr/bin/env cwl-runner
    3. cwlVersion: v1.0
    4. class: CommandLineTool
    5. label: Example trivial wrapper for Java 9 compiler
    6. hints:
    7.   DockerRequirement:
    8.     dockerPull: openjdk:9.0.1-11-slim
    9. baseCommand: javac
    10. arguments: ["-d", $(runtime.outdir)]
    11. inputs:
    12.   src:
    13.     type: File
    14.     inputBinding:
    15.       position: 1
    16. outputs:
    17.   classfile:
    18.     type: File
    19.     outputBinding:
    20.       glob: "*.class"

    arguments-job.yml

    1. src:
    2.   class: File
    3.   path: Hello.java

    现在，创建一个示例Java文件，并在命令行上调用cwl-runner

    1. $ echo "public class Hello {}" > Hello.java
    2. $ cwl-runner arguments.cwl arguments-job.yml
    3. [job arguments.cwl] /tmp/tmpwYALo1$ docker \
    4.  run \
    5.  -i \
    6.  --volume=/home/peter/work/common-workflow-language/v1.0/examples/Hello.java:/var/lib/cwl/stg8939ac04-7443-4990-a518-1855b2322141/Hello.java:ro \
    7.  --volume=/tmp/tmpwYALo1:/var/spool/cwl:rw \
    8.  --volume=/tmp/tmpptIAJ8:/tmp:rw \
    9.  --workdir=/var/spool/cwl \
    10.  --read-only=true \
    11.  --user=1001 \
    12.  --rm \
    13.  --env=TMPDIR=/tmp \
    14.  --env=HOME=/var/spool/cwl \
    15.  java:7 \
    16.  javac \
    17.  -d \
    18.  /var/spool/cwl \
    19.  /var/lib/cwl/stg8939ac04-7443-4990-a518-1855b2322141/Hello.java
    20. Final process status is success
    21. {
    22.   "classfile": {
    23.     "size": 416,
    24.     "location": "/home/example/Hello.class",
    25.     "checksum": "sha1$2f7ac33c1f3aac3f1fec7b936b6562422c85b38a",
    26.     "class": "File"
    27.   }
    28. }

    这里，我们使用arguments字段向命令行添加一个附加参数，这个参数不绑定到特定的输入参数。

    1. arguments: ["-d", $(runtime.outdir)]

    这个例子引用了一个运行时参数。运行时参数提供了实际执行工具时有关硬件或软件环境的信息。$(runtime.outdir)参数是指定输出目录的路径。其他参数包括$(runtime.tmpdir)， $(runtime.ram)， $(runtime.cores)， $(runtime.outdirSize)和$(runtime.tmpdirSize)。有关详细信息，请参阅CWL规范的运行时环境部分。