1. 问题
  2. 当我想要动态地创建值，而CWL没有提供这样做的内置方法时，我该怎么做?
  3. 目标
  4. 学习如何在CWL描述中插入JavaScript表达式。

如果您需要操作输入参数，请在InlinejavascriptRerequirements中包含需求，然后在参数引用合法的任何地方，您可以提供将由CWL运行器评估的Javascript片段。
注意:JavaScript表达式应该只在绝对必要的时候使用。当操作文件名、扩展名、路径等时，考虑是否可以使用文件中的内置属性，如basename、nameroot、nameext等。请参阅推荐实践的列表。
expression.cwl

  1. #!/usr/bin/env cwl-runner
  3. cwlVersion: v1.0
  4. class: CommandLineTool
  5. baseCommand: echo
  7. requirements:
  8.   InlineJavascriptRequirement: {}
  10. inputs: []
  11. outputs:
  12.   example_out:
  13.     type: stdout
  14. stdout: output.txt
  15. arguments:
  16.   - prefix: -A
  17.     valueFrom: $(1+1)
  18.   - prefix: -B
  19.     valueFrom: $("/foo/bar/baz".split('/').slice(-1)[0])
  20.   - prefix: -C
  21.     valueFrom: |
  22.       ${
  23.         var r = [];
  24.         for (var i = 10; i >= 1; i--) {
  25.           r.push(i);
  26.         }
  27.         return r;
  28.       }

因为这个工具不需要任何“输入”，我们可以在一个(几乎)空的作业文件中运行它:
empty.yml

  1. {}

empty.yml包含一个空JSON对象的描述。JSON对象描述包含在花括号{}中，因此空对象仅由一组空括号表示。
我们运行expression.cwl

  1. $ cwl-runner expression.cwl empty.yml
  2. [job expression.cwl] /home/example$ echo \
  3.     -A \
  4.     2 \
  5.     -B \
  6.     baz \
  7.     -C \
  8.     10 \
  9.     9 \
  10.     8 \
  11.     7 \
  12.     6 \
  13.     5 \
  14.     4 \
  15.     3 \
  16.     2 \
  17.     1 > /home/example/output.txt
  18. [job expression.cwl] completed success
  19. {
  20.     "example_out": {
  21.         "location": "file:///home/example/output.txt",
  22.         "basename": "output.txt",
  23.         "class": "File",
  24.         "checksum": "sha1$a739a6ff72d660d32111265e508ed2fc91f01a7c",
  25.         "size": 36,
  26.         "path": "/home/example/output.txt"
  27.     }
  28. }
  29. Final process status is success
  30. $ cat output.txt
  31. -A 2 -B baz -C 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1

注意，需求必须以数组的形式提供，每个条目(在本例中，只有class: inlinejavascriptrequirequirement)标记为a -。同样的语法用于描述额外的命令行参数。

哪里允许JavaScript表达式?

就像参数引用一样，只能在某些字段中使用JavaScript表达式。这些都是:

  • From CommandLineTool
    • arguments
      • valueFrom
    • stdin
    • stdout
    • stderr
    • From CommandInputParameter
      • format
      • secondaryFiles
      • FrominputBinding
        • valueFrom
    • From CommandOutputParamater
      • format
      • secondaryFiles
      • From CommandOutputBinding
        • glob
        • outputEval
  • From Workflow
    • From InputParameter and WorkflowOutputParameter
      • format
      • secondaryFiles
    • From steps
      • From WorkflowStepInput
        • valueFrom
  • From ExpressionTool
    • expression
    • From InputParameter and ExpressionToolOutputParameter
      • format
      • secondaryFiles
  • FromResourceRequirement
    • coresMin
    • coresMax
    • ramMin
    • ramMax
    • tmpdirMin
    • tmpdirMax
    • outdirMin
    • outdirMax
  • From InitialWorkDirRequirement`
    • listing
    • in Dirent
      • entry
      • entryname
  • From EnvVarRequirement
    • From EnvironmentDef
      • envValue