1. 问题
    2. 如何使人们更容易引用我的工具描述?
    3. 目标
    4. 了解如何向CWL描述添加作者信息和其他元数据。

    正确执行不需要实现扩展(例如,与GUI表示相关的字段)和关于工具或工作流本身的元数据(例如,在引用中使用的作者身份)可以作为任何对象的附加字段提供。这些扩展字段(例如format: edam:format2572)可以使用文档的$namespacessection中列出的名称空间前缀(例如edam: http://edamontology.org/),正如模式规范中描述的那样。添加名称空间前缀后,就可以在文档中的任何地方访问它,如下所示。否则必须使用完整url:格式:http://edamontology.org/format_2572
    对于所有开发人员,我们为您的工具和工作流推荐以下最小元数据。这个示例包含了允许其他人引用您的工具的元数据。
    _metadata_example2.cwl

    1. #!/usr/bin/env cwl-runner
    2. cwlVersion: v1.0
    3. class: CommandLineTool
    4. label: An example tool demonstrating metadata.
    5. doc: Note that this is an example and the metadata is not necessarily consistent.
    6. inputs:
    7. aligned_sequences:
    8. type: File
    9. label: Aligned sequences in BAM format
    10. format: edam:format_2572
    11. inputBinding:
    12. position: 1
    13. baseCommand: [ wc, -l ]
    14. stdout: output.txt
    15. outputs:
    16. report:
    17. type: stdout
    18. format: edam:format_1964
    19. label: A text file that contains a line count
    20. s:author:
    21. - class: s:Person
    22. s:identifier: https://orcid.org/0000-0002-6130-1021
    23. s:email: mailto:dyuen@oicr.on.ca
    24. s:name: Denis Yuen
    25. s:contributor:
    26. - class: s:Person
    27. s:identifier: http://orcid.org/0000-0002-7681-6415
    28. s:email: mailto:briandoconnor@gmail.com
    29. s:name: Brian O'Connor
    30. s:citation: https://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.3115156.v2
    31. s:codeRepository: https://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language
    32. s:dateCreated: "2016-12-13"
    33. s:license: https://spdx.org/licenses/Apache-2.0
    34. $namespaces:
    35. s: https://schema.org/
    36. edam: http://edamontology.org/
    37. $schemas:
    38. - http://schema.org/version/9.0/schemaorg-current-http.rdf
    39. - http://edamontology.org/EDAM_1.18.owl

    命令行格式的CWL描述等价如下:

    1. wc -l /path/to/aligned_sequences.ext > output.txt