子类化ndarray
介绍
子类化ndarray相对简单,但与其他Python对象相比,它有一些复杂性。在这个页面上,我们解释了允许你子类化ndarray的机制,以及实现子类的含义。
ndarrays和对象创建
ndarray的子类化很复杂,因为ndarray类的新实例可以以三种不同的方式出现。这些是:
- 显式构造函数调用 - 如
MySubClass(params)。这是Python实例创建的常用途径。 - 查看转换 - 将现有的ndarray转换为给定的子类
- 模板中的新内容 - 从模板实例创建新实例。示例包括从子类化数组返回切片,从ufuncs创建返回类型以及复制数组。有关更多详细信息,请参阅 从模板创建
最后两个是ndarrays的特性 - 为了支持数组切片之类的东西。子类化ndarray的复杂性是由于numpy必须支持后两种实例创建路径的机制。
视图投影
视图投影 是标准的ndarray机制,通过它您可以获取任何子类的ndarray,并将该数组的视图作为另一个(指定的)子类返回:
>>> import numpy as np>>> # create a completely useless ndarray subclass>>> class C(np.ndarray): pass>>> # create a standard ndarray>>> arr = np.zeros((3,))>>> # take a view of it, as our useless subclass>>> c_arr = arr.view(C)>>> type(c_arr)<class 'C'>
从模板创建
当numpy发现它需要从模板实例创建新实例时,ndarray子类的新实例也可以通过与视图投影非常相似的机制来实现。 这个情况的最明显的时候是你正为子类数组切片的时候。例如:
>>> v = c_arr[1:]>>> type(v) # the view is of type 'C'<class 'C'>>>> v is c_arr # but it's a new instanceFalse
切片是原始 c_arr 数据的 视图 。因此,当我们从ndarray中获取视图时,我们返回一个同一类的新ndarray,它指向原始数据。
在使用ndarrays时还有其它要点,我们需要这样的视图,例如复制数组(c_arr.copy()),创建ufunc输出数组(参见array_wrap用于ufuncs和其他函数),
以及减少方法(如c_arr.mean()。
视图投影与从模板创建的关系
这些路径都使用相同的机器。我们在这里进行区分,因为它们会为您的方法带来不同的输入。具体来说, 视图投影意味着您已从ndarray的任何潜在子类创建了数组类型的新实例。 从模板创建意味着您已从预先存在的实例创建了类的新实例,例如,允许您跨特定于您的子类的属性进行复制。
子类化的含义
如果我们将 ndarray 子类化,我们不仅需要处理数组类型的显式构造,还需要处理视图投影或 从模板创建。NumPy有这样的机制,这种机制使子类化略微不标准。
ndarray用于支持视图和子类中的从模板创建的机制有两个方面。
第一种是使用该ndarray.__new__方法进行对象初始化的主要工作,而不是更常用的__init__
方法。第二个是使用该__array_finalize__方法在模板创建视图和新实例后允许子类清理。
一个简短的Python入门__new__和__init__
__new__是一个标准的Python方法,如果存在,__init__在我们创建类实例之前调用它。
有关更多详细信息,请参阅python __new__ 文档。
例如,请考虑以下Python代码:
class C(object):def __new__(cls, *args):print('Cls in __new__:', cls)print('Args in __new__:', args)# The `object` type __new__ method takes a single argument.return object.__new__(cls)def __init__(self, *args):print('type(self) in __init__:', type(self))print('Args in __init__:', args)
它的意思是我们将会得到:
>>> c = C('hello')Cls in __new__: <class 'C'>Args in __new__: ('hello',)type(self) in __init__: <class 'C'>Args in __init__: ('hello',)
当我们调用时C('hello'),该__new__方法获得自己的类作为第一个参数,并传递参数,即字符串
'hello'。在python调用之后__new__,它通常(见下文)调用我们的__init__方法,输出__new__为第一个参数(现在是一个类实例),以及后面传递的参数。
如您所见,对象可以在__new__
方法或__init__方法中初始化,或者两者兼而有之,实际上ndarray没有__init__方法,因为所有初始化都是在__new__方法中完成的。
为什么要使用__new__而不仅仅是平常__init__?因为在某些情况下,对于ndarray,我们希望能够返回其他类的对象。考虑以下:
class D(C):def __new__(cls, *args):print('D cls is:', cls)print('D args in __new__:', args)return C.__new__(C, *args)def __init__(self, *args):# we never get hereprint('In D __init__')
意思是:
>>> obj = D('hello')D cls is: <class 'D'>D args in __new__: ('hello',)Cls in __new__: <class 'C'>Args in __new__: ('hello',)>>> type(obj)<class 'C'>
定义C与之前相同,但是,对于D,该
__new__方法返回类的实例C而不是
D。请注意,该__init__方法D不会被调用。通常,当__new__方法返回类的对象而不是定义__init__
它的类时,不调用该类的方法。
这就是ndarray类的子类如何能够返回保留类类型的视图。在进行视图时,标准的ndarray机器会创建新的ndarray对象,例如:
obj = ndarray.__new__(subtype, shape, ...
subdtype子类在哪里。因此,返回的视图与子类属于同一类,而不是类ndarray。
这解决了返回相同类型的视图的问题,但是现在我们有了一个新的问题。
ndarray的机制可以这样设置类,在其用于获取视图的标准方法中,
但是ndarray __new__ 方法不知道我们在自己的 __new__ 方法中为了设置属性所做的任何事情,
等等。(抛开-为什么不调用 obj = subdtype._new_(... 然后?。因为我们可能没有具有相同调用签名的 __new__ 方法)。
__array_finalize__ 的作用
__array_finalize__ 是numpy提供的机制,允许子类处理创建新实例的各种方法。
请记住,子类实例可以通过以下三种方式实现:
- 显式的调用构造函数(
obj = MySubClass(params))。 这将调用MySubClass.__ new__的常用序列,然后(如果存在)MySubClass.__init__。 - 视图投影
- 从模板创建
我们的 MySubClass.__new__ 方法只在显式构造函数调用的情况下被调用,
所以我们不能依赖 MySubClass.__new__ 或 MySubClass.__init__ 来处理视图转换和从模板创建。事实证明,
MySubClass.__array_finalize__ 确实为对象创建的所有三种方法都被调用,所以这是我们的对象创建内务通常去的地方。
- 对于显式构造函数调用,我们的子类需要创建自己的类的新ndarray实例。
在实践中,这意味着我们作为代码的作者将需要调用
ndarray.__new__(MySubClass,...), 一个类层次结构调用super(MySubClass, cls).__new__(cls, ...), 或者查看现有数组的转换(见下文) - 对于视图转换和从模板创建
ndarray.__new__(MySubClass,...,在C级别调用等效项。
对于上述三种实例创建方法,__array_finalize__ 接收的参数不同。
以下代码允许我们查看调用序列和参数:
import numpy as npclass C(np.ndarray):def __new__(cls, *args, **kwargs):print('In __new__ with class %s' % cls)return super(C, cls).__new__(cls, *args, **kwargs)def __init__(self, *args, **kwargs):# in practice you probably will not need or want an __init__# method for your subclassprint('In __init__ with class %s' % self.__class__)def __array_finalize__(self, obj):print('In array_finalize:')print(' self type is %s' % type(self))print(' obj type is %s' % type(obj))
现在:
>>> # Explicit constructor>>> c = C((10,))In __new__ with class <class 'C'>In array_finalize:self type is <class 'C'>obj type is <type 'NoneType'>In __init__ with class <class 'C'>>>> # View casting>>> a = np.arange(10)>>> cast_a = a.view(C)In array_finalize:self type is <class 'C'>obj type is <type 'numpy.ndarray'>>>> # Slicing (example of 从模板创建)>>> cv = c[:1]In array_finalize:self type is <class 'C'>obj type is <class 'C'>
签名__array_finalize__是:
def __array_finalize__(self, obj):
可以看到进行的super调用
ndarray.__new__传递__array_finalize__了我们自己的class(self)的新对象以及从中获取视图的对象(obj)。从上面的输出可以看出,self它总是一个新创建的子类实例,并且obj
三种实例创建方法的类型不同:
- 从显式构造函数调用时,
obj是None - 从视图转换中调用时,
obj可以是ndarray的任何子类的实例,包括我们自己的子类。 - 在从模板创建中调用时,
obj是我们自己的子类的另一个实例,我们可能会用它来更新新self实例。
因为__array_finalize__是唯一始终看到正在创建新实例的方法,所以在其他任务中填充新对象属性的实例默认值是合理的。
通过一个例子,这可能更清楚。
简单示例 —— 向ndarray添加额外属性
import numpy as npclass InfoArray(np.ndarray):def __new__(subtype, shape, dtype=float, buffer=None, offset=0,strides=None, order=None, info=None):# Create the ndarray instance of our type, given the usual# ndarray input arguments. This will call the standard# ndarray constructor, but return an object of our type.# It also triggers a call to InfoArray.__array_finalize__obj = super(InfoArray, subtype).__new__(subtype, shape, dtype,buffer, offset, strides,order)# set the new 'info' attribute to the value passedobj.info = info# Finally, we must return the newly created object:return objdef __array_finalize__(self, obj):# ``self`` is a new object resulting from# ndarray.__new__(InfoArray, ...), therefore it only has# attributes that the ndarray.__new__ constructor gave it -# i.e. those of a standard ndarray.## We could have got to the ndarray.__new__ call in 3 ways:# From an explicit constructor - e.g. InfoArray():# obj is None# (we're in the middle of the InfoArray.__new__# constructor, and self.info will be set when we return to# InfoArray.__new__)if obj is None: return# From view casting - e.g arr.view(InfoArray):# obj is arr# (type(obj) can be InfoArray)# From 从模板创建 - e.g infoarr[:3]# type(obj) is InfoArray## Note that it is here, rather than in the __new__ method,# that we set the default value for 'info', because this# method sees all creation of default objects - with the# InfoArray.__new__ constructor, but also with# arr.view(InfoArray).self.info = getattr(obj, 'info', None)# We do not need to return anything
使用该对象如下所示:
>>> obj = InfoArray(shape=(3,)) # explicit constructor>>> type(obj)<class 'InfoArray'>>>> obj.info is NoneTrue>>> obj = InfoArray(shape=(3,), info='information')>>> obj.info'information'>>> v = obj[1:] # 从模板创建 - here - slicing>>> type(v)<class 'InfoArray'>>>> v.info'information'>>> arr = np.arange(10)>>> cast_arr = arr.view(InfoArray) # view casting>>> type(cast_arr)<class 'InfoArray'>>>> cast_arr.info is NoneTrue
这个类不是很有用,因为它与裸ndarray对象具有相同的构造函数,包括传入缓冲区和形状等等。我们可能更喜欢构造函数能够从通常的numpy调用中获取已经形成的ndarray np.array并返回一个对象。
稍微更现实的例子 —— 添加到现有数组的属性
这是一个类,它采用已经存在的标准ndarray,转换为我们的类型,并添加一个额外的属性。
import numpy as npclass RealisticInfoArray(np.ndarray):def __new__(cls, input_array, info=None):# Input array is an already formed ndarray instance# We first cast to be our class typeobj = np.asarray(input_array).view(cls)# add the new attribute to the created instanceobj.info = info# Finally, we must return the newly created object:return objdef __array_finalize__(self, obj):# see InfoArray.__array_finalize__ for commentsif obj is None: returnself.info = getattr(obj, 'info', None)
所以:
>>> arr = np.arange(5)>>> obj = RealisticInfoArray(arr, info='information')>>> type(obj)<class 'RealisticInfoArray'>>>> obj.info'information'>>> v = obj[1:]>>> type(v)<class 'RealisticInfoArray'>>>> v.info'information'
__array_ufunc__ 对于ufuncs
版本1.13中的新功能。
子类可以覆盖在通过覆盖默认ndarray.__array_ufunc__方法对其执行numpy ufuncs时发生的情况。执行此方法 而不是 ufunc,并且应该返回操作的结果,
或者NotImplemented如果未执行所请求的操作。
签名 __array_ufunc__ 是:
def __array_ufunc__(ufunc, method, *inputs, **kwargs):- *ufunc* is the ufunc object that was called.- *method* is a string indicating how the Ufunc was called, either``"__call__"`` to indicate it was called directly, or one of its:ref:`methods<ufuncs.methods>`: ``"reduce"``, ``"accumulate"``,``"reduceat"``, ``"outer"``, or ``"at"``.- *inputs* is a tuple of the input arguments to the ``ufunc``- *kwargs* contains any optional or keyword arguments passed to thefunction. This includes any ``out`` arguments, which are alwayscontained in a tuple.
典型的实现将转换作为一个人自己的类的实例的任何输入或输出,使用所有内容传递给超类
super(),并最终在可能的反向转换后返回结果。举例来说,来自测试案例采取
test_ufunc_override_with_super在core/tests/test_umath.py,如下。
input numpy as npclass A(np.ndarray):def __array_ufunc__(self, ufunc, method, *inputs, **kwargs):args = []in_no = []for i, input_ in enumerate(inputs):if isinstance(input_, A):in_no.append(i)args.append(input_.view(np.ndarray))else:args.append(input_)outputs = kwargs.pop('out', None)out_no = []if outputs:out_args = []for j, output in enumerate(outputs):if isinstance(output, A):out_no.append(j)out_args.append(output.view(np.ndarray))else:out_args.append(output)kwargs['out'] = tuple(out_args)else:outputs = (None,) * ufunc.noutinfo = {}if in_no:info['inputs'] = in_noif out_no:info['outputs'] = out_noresults = super(A, self).__array_ufunc__(ufunc, method,*args, **kwargs)if results is NotImplemented:return NotImplementedif method == 'at':if isinstance(inputs[0], A):inputs[0].info = inforeturnif ufunc.nout == 1:results = (results,)results = tuple((np.asarray(result).view(A)if output is None else output)for result, output in zip(results, outputs))if results and isinstance(results[0], A):results[0].info = inforeturn results[0] if len(results) == 1 else results
所以,这个类实际上并没有做任何有趣的事情:它只是将它自己的任何实例转换为常规的ndarray(否则,我们将获得无限递归!),并添加一个info字典,告诉它转换了哪些输入和输出。因此,例如,
>>> a = np.arange(5.).view(A)>>> b = np.sin(a)>>> b.info{'inputs': [0]}>>> b = np.sin(np.arange(5.), out=(a,))>>> b.info{'outputs': [0]}>>> a = np.arange(5.).view(A)>>> b = np.ones(1).view(A)>>> c = a + b>>> c.info{'inputs': [0, 1]}>>> a += b>>> a.info{'inputs': [0, 1], 'outputs': [0]}
请注意,另一种方法是使用 getattr(ufunc,method)(*input,*kwargs) 而不是 super call。
对于本例,结果是相同的,但如果另一个操作数也定义了 __array_ufunc__ ,则会有所不同。
例如,假设我们评估 np.add(a,b),其中b是具有覆盖的另一个类B的实例。
如果在示例中使用super,ndarray.__array_ufunc__ 会注意到b具有覆盖,这意味着它不能计算结果本身。
因此,它将返回 NotImplemented ,我们的类A也将如此。
然后,控制权将传递给 b,b 要么知道如何处理我们并产生结果,要么不知道并返回 NotImplemented,从而引发 TypeError。
相反,如果我们用 getattr(ufunc,method) 替换 super call,我们将有效地执行 np.add(a.view(np.ndarray),b)。
同样,将调用 B.__array_ufunc__,但现在它将 ndarray 视为另一个参数。
很可能,它将知道如何处理此问题,并将B类的新实例返回给我们。
我们的示例类没有设置为处理此问题,但如果例如使用 __array_ufunc__ 重新实现 MaskedArray,这可能是最好的方法。
最后要注意:如果 super 路由适合给定的类,使用它的一个优点是它有助于构造类层次结构。
例如,假设我们的其他类B在其 __array_ufunc__ 实现中也使用了 super,
并且我们创建了一个依赖于它们的类 C,即 calss C(A, B)(为简单起见,没有另一个 __array_ufunc__ 覆盖)。
然后,C实例上的任何ufunc都将传递给 A.__ array_ufunc__,
A 中的超级调用将转到 B.__ array_ufunc__,
而 B 中的 super call 将转到 ndarray.__array_ufunc__ ,从而允许 A 和 B 协作。
__array_wrap__用于ufuncs和其他函数
在numpy 1.13之前,ufuncs的行为只能使用 __array_wrap__ 和 __array_prepare__ 来调优。
这两个允许一个更改ufunc的输出类型,但与 __array_ufunc__ 相反,不允许对输入进行任何更改。
希望最终淘汰这些功能,但是其他 numpy 函数和方法也使用 __array_wrap__ ,例如 squeeze,因此目前仍然需要完整的功能。
从概念上讲,__array_wrap__ “包装动作” 的意义是允许子类设置返回值的类型并更新属性和元数据。
让我们用一个例子来说明它是如何工作的。首先,我们返回到更简单的Example子类,但具有不同的名称和一些print语句:
import numpy as npclass MySubClass(np.ndarray):def __new__(cls, input_array, info=None):obj = np.asarray(input_array).view(cls)obj.info = inforeturn objdef __array_finalize__(self, obj):print('In __array_finalize__:')print(' self is %s' % repr(self))print(' obj is %s' % repr(obj))if obj is None: returnself.info = getattr(obj, 'info', None)def __array_wrap__(self, out_arr, context=None):print('In __array_wrap__:')print(' self is %s' % repr(self))print(' arr is %s' % repr(out_arr))# then just call the parentreturn super(MySubClass, self).__array_wrap__(self, out_arr, context)
我们在新数组的实例上运行ufunc:
>>> obj = MySubClass(np.arange(5), info='spam')In __array_finalize__:self is MySubClass([0, 1, 2, 3, 4])obj is array([0, 1, 2, 3, 4])>>> arr2 = np.arange(5)+1>>> ret = np.add(arr2, obj)In __array_wrap__:self is MySubClass([0, 1, 2, 3, 4])arr is array([1, 3, 5, 7, 9])In __array_finalize__:self is MySubClass([1, 3, 5, 7, 9])obj is MySubClass([0, 1, 2, 3, 4])>>> retMySubClass([1, 3, 5, 7, 9])>>> ret.info'spam'
注意,ufunc(np.add) 调用了 __array_WRAP__ 方法,参数 self 作为 obj,out_arr作为加法的(ndarray)结果。
反过来,默认 __array_wrap__(ndarray._array_warp__) 已将结果强制转换为类 MySubClass,并调用 __array_finalize__ - 因此复制了info属性。这一切都发生在C级。
但是,我们可以做任何我们想要的事情:
class SillySubClass(np.ndarray):def __array_wrap__(self, arr, context=None):return 'I lost your data'
>>> arr1 = np.arange(5)>>> obj = arr1.view(SillySubClass)>>> arr2 = np.arange(5)>>> ret = np.multiply(obj, arr2)>>> ret'I lost your data'
因此,通过__array_wrap__为我们的子类定义一个特定的方法,我们可以调整ufuncs的输出。
该__array_wrap__方法需要self,然后是一个参数 - 这是ufunc的结果 - 和一个可选的参数 上下文 。
ufuncs 将此参数作为 3 元素元组返回:( ufunc的名称,ufunc的参数,ufunc的域),
但不是由其他numpy函数设置的。但是,如上所述,可以做其他事情,__array_wrap__应该返回其包含类的实例。
请参阅 masked 数组子类以获取实现。
除了 __array_wrap__ 在ufunc 之外调用之外,
还有一个 __array_prepare__ 方法在创建输出数组之后但在执行任何计算之前调用ufunc。
默认实现除了通过数组之外什么都不做。
__array_prepare__ 不应尝试访问数组数据或调整数组大小,
它用于设置输出数组类型,更新属性和元数据,以及根据计算开始之前可能需要的输入执行任何检查。
比如__array_wrap__,__array_prepare__必须返回一个ndarray或其子类或引发错误。
额外的坑 —— 自定义的 __del__ 方法和 ndarray.base
ndarray解决的问题之一是跟踪ndarray的内存所有权及其视图。
考虑这样的情况,我们已经创建了ndarray,arr 并使用 v = arr[1:]获取了一个切片。
这两个对象看的是相同的内存。NumPy使用base属性跟踪特定数组或视图的数据来自何处:
>>> # A normal ndarray, that owns its own data>>> arr = np.zeros((4,))>>> # In this case, base is None>>> arr.base is NoneTrue>>> # We take a view>>> v1 = arr[1:]>>> # base now points to the array that it derived from>>> v1.base is arrTrue>>> # Take a view of a view>>> v2 = v1[1:]>>> # base points to the view it derived from>>> v2.base is v1True
一般来说,如果数组拥有自己的内存,
就像arr在这种情况下那样,
那么arr.base 将是None - 有一些例外 -—— 请参阅numpy书了解更多细节。
该base属性可用于判断我们是否有视图或原始数组。
如果我们需要知道在删除子类数组时是否进行某些特定的清理,这反过来会很有用。
例如,如果删除原始数组,我们可能只想进行清理,而不是视图。有关如何工作的示例,请查看 numpy.core 中的 memmap 类。
子类和下游兼容性
当子类化 ndarray 或创建模仿 ndarray 接口的 duck-types 时,
您的任务是决定您的API与numpy的API将如何对齐。
为方便起见,许多具有相应ndarray方法(例如,sum,mean,take,reshape)的Numpy函数通过检查函数的第一个参数是否具有同名的方法来工作。
如果存在,则调用该方法,而不是将参数强制到numpy数组。
例如,如果您希望子类或 duck-type 与 numpy 的 sum 函数兼容,则此对象sum方法的方法签名应如下所示:
def sum(self, axis=None, dtype=None, out=None, keepdims=False):...
这是 np.sum 的完全相同的方法签名,
所以现在如果用户在这个对象上调用 np.sum,numpy 将调用该对象自己的 sum 方法,
并在签名中传递上面枚举的这些参数,并且不会引发错误,因为签名彼此完全兼容。
但是,如果您决定偏离此签名并执行以下操作:
def sum(self, axis=None, dtype=None):...
此对象不再兼容,np.sum因为如果调用np.sum,它将传递意外的参数,out并keepdims导致引发 TypeError。
如果你希望保持与 numpy 及其后续版本(可能添加新的关键字参数)的兼容性,
但又不想显示所有numpy的参数,那么你的函数的签名应该接受**kwargs。例如:
def sum(self, axis=None, dtype=None, **unused_kwargs):...
此对象现在再次与 np.sum 兼容,因为任何无关的参数(即不是 axis 或 dtype 的关键字)都将隐藏在 *unused_kwargs 参数中。
