InnoDB中，表包含两个部分：表结构定义、数据。
表结构：表机构定义占用的空间很小，在MySQL8.0以前是存在.fm后缀的文件中，在MySQL8.0以后，允许把表结构定义放在系统数据表中。

参数innodb_file_per_table

OFF：表的数据放在系统共享表空间，跟数据字典放在一起。
ON：每个InnoDB表数据存储在一个已.ibd为后缀的文件中。 默认值是：ON。
区别：设置为ON存储文单独的文件更容易管理，而且不需要这个表的时候，通过drop table命令，系统就会直接删除这个文件。如果设置为OFF放在共享表空间中，表即使删掉了，空间也是不会回收的。

delete删除数据

加入我们要删除一条记录R4，InnoDB引擎只会把这条记录标记为删除，磁盘文件的大小并不会缩小。之后如果要再插入一个ID在300到600之间的记录时，可能会复用这个位置，但是如果插入的是ID=800的记录，就不能复用这个位置，行记录位置的复用只限于符合范围条件的的数据。
如果删除的是整个数据页上的记录，那么整个数据页就可以被复用了，且没有符合范围条件的限制，可以复用到任何位置。
如果相邻两个数据页的利用率都很小，系统就会把这两个页上的数据合到其中一个页上，另一个数据页会被标记为可复用。
如果delete整张表，所有的数据页都会被标记为可复用，但是磁盘文件大小不变。

空洞

通过delete命令是不会回收表空间的，只能做到可复用，而实际上没有被复用的空间，看起来就像‘空洞’。
除了删除数据会造成空洞，插入数据或者更新索引上的值也会。当数据是按照索引递增插入时，索引是紧凑的。但是如果数据不按照索引递增，而是随机插入，就可能会造成索引的数据页分裂。

由于PageA满了，这是再插入一个ID=550的数据时（ID在PageA范围内），就不得不申请一个新的数据页PageB在保存记录。页分裂后，PageA的末尾就会留下空洞。
更新索引上的值，可以理解为删除一个旧值，插入一个新值，同样会造成空洞。

重建表

作用：重建表可以达到去除空洞，回收表空间的目的。
原理：新建一个与原表A结构相同的表B，然后按照主键ID递增的顺序，把数据一行一行的从A读取插入到B，这样B中的主键索引是紧凑的，数据页的利用率也高。然后用表B替换表A，从效果上看，就达到了收缩表A空间的作用。
实现：alter table A engine=InnoDB命令重建表。在MySQL5.5之前，整个DDL过程中不允许对原表有数据更新，否则会稻城数据丢失，也就是不是Online DDL。
在MySQL5.6开始，引入Online DDL，对这个流程做了优化：
1）新建一个临时文件temp，扫描表A主键的所有数据页。
2）用数据页中表A的记录，生成B+树，存储在临时文件temp中。
3）对生成temp过程中，所有对表A的操作记录保存在一个日志文件row log中。
4）temp生成完成后，将row log中的记录重放到temp中。
5）用temp替换表A。

由于row log和重放功能的存在，实现了在重建表的过程中允许对表A的增删改操作，达到了Online DDL。
实际上，DDL是需要拿到MDL写锁的，也就是alter命令在启动时需要获取MDL写锁，但是这个写锁在真正的拷贝数据之前就退化成读锁了。拿写锁的目的是保护自己的命令，禁止其他线程对这个表同时做DDL修改表结构。获取持有写锁的时间对整个DDL来说很短，之后的读锁阶段允许对标的增删改，也就认为是Online DDL了。
重建表对于大表来说，非常消耗IO和CPU，线上服务谨慎使用。

几条命令

alter table t engine=InnoDB 重建表
analyze table t 对标的索引信息重新统计，没有修改数据，过程加了MDL读锁。
optimize table t 等于 重建+analyze