查看添加的频道

cat ~/.condarc
conda config —get channels
conda config —show channels

移除添加的频道

进入到vim编辑器，然后删掉不要的，wq保存并退出

创建独立的环境

仅在创立环境时使用
conda create -n rna
创建名为rna的conda小环境
-n： 指定环境名称

启动环境

conda activate rna
启动rna这个conda小环境

退出环境

conda deactivate
退出rna这个conda小环境

列出已存在的环境

conda env list 或
conda info —env
列出已存在的小环境

删除已创建的小环境及安装的包

conda remove -n rna —all
如何重命名一个小环境呢？ 先克隆一个新的，再删除掉旧的
conda create -n Python2
内心OS：每次都要写Python2好麻烦啊！
conda create -n py2 —clone Python2
内心OS：这次命名一个短一点的、不用大小写切换的
conda remove -n Python2 —all
内心OS：拜拜嘞您

安装软件：

conda install
conda install fastqc
当出现三个“done”的时候说明软件安装一切正常
问题1：
如何指定安装的软件的版本？ 在不指定版本的情况下，

conda 默认安装该软件的最新版。

如果要安装旧版本：

1. 先看看有哪些可以安装的版本

conda search fastqc

2. 安装指定版本的软件

conda install fastqc=0.11.7
添加-y参数跳过确认步骤
conda install -y fastqc=0.11.7

多个软件可以一起安装

conda install -y multiqc fastp

安装时找不到这个包怎么办？

1. 确认conda是否能安装你所需要的软件
   2. 确认名字是否打错
   3. 确认你要的包在conda中的名称

trim_galore → trim-galore

sratoolkit → sra-tools

在实战中经常被问到：

安装软件包但是调用不了是怎么回事？

因为安装的软件包的名称和实际调用的程序不一定是同名的！

查看conda环境中已安装的软件

基本用法：
conda list
查看当前环境所安装的软件
扩展用法：

1.查看符合正则表达式的软件

conda list fast*

2.查看指定的环境的软件

conda list -n rna

删除软件

conda remove fastqc
想要删除特定环境下的特定软件，如何指定？
conda remove -n rna fastqc
不指定-n参数就得进入该环境之后才能进行删除操作
同样，-y能够跳过确认执行的步骤

升级软件

conda update fastqc

如何升级conda本身？

conda的常用命令

环境管理

conda env list

列出已创建的环境

conda deactivate

激活环境

conda create -n rna

conda activate rna

软件管理

conda install fastqc

在环境中搜索此软件

conda list

列出查看当前环境所安装的软件

conda remove fastqc

conda update fastqc

conda search fastqc

5、conda-cheatsheet.pdf

mamba

并没有完全重新把conda重新写一遍，而是加速了其中的一些线速度的步骤

1. 对conda install进行改造，使其可以并行下载
   2. 增加了一些新功能

   切换到base环境（确保安装在base）

   conda activate base
   在base环境下安装mamba
   conda install mamba
   tips： 装在base环境中的包在小环境中依然可以调用， 因此不需要在每个环境里都安装一遍

   除启动环境外（conda activate rna）

   所有conda的命令都可以用mamba来代替

   搜索软件：

   mamba search fastqc
   mamba repoquery search fastqc 这个更快
   mamba repoquery Query repositories using mamba.

   安装软件

   mamba install fastqc
   mamba可以多线程地安装软件
   

   环境变量

   环境变量：用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量

   常见环境变量：

   • $HOME：当前用户的主目录

   • $PATH：shell查找命令的目录列表由，冒号（:）分隔

   • $SHELL：bash shell的全路径名

   • $LOGNAME：当前用户的登录名

   • echo ①打印字符串 ②打印变量的值，变量调用要加 $

   
   

   ~/.bashrc

   • 修改命令行配色：运行下面代码

   ~/.bashrc：该文件包含专用于你的bash shell的bash信息，
   当登录时以及每次打开新的shell时，该文件被读取和执行。