shell

1）系统的用户界面，提供了用户与内核进行 交互操作的一种接口
2）一门编程语言

文件系统结构

/ ：虚拟目录的根目录。通常不会在这里存储文件
/bin ：二进制目录，存放许多用户级的GNU工具
/boot：启动目录，存放启动文件
/dev ：设备目录，Linux在这里创建设备节点
/etc ：系统配置文件目录
/home：主目录，Linux在这里创建用户目录
/lib ：库目录，存放系统和应用程序的库文件
/media：媒体目录，可移动媒体设备的常用挂载点
/root：root用户的主目录
/sbin：系统二进制目录，存放许多GNU管理员级工具
/run ：运行目录，存放系统运作时的运行时数据
/tmp ：临时目录，可以在该目录中创建和删除临时工作文件
/usr ：用户二进制目录，大量用户级的GNU工具和数据文件都存储在这里

系统环境

查看CPU信息：lscpu
查看内存信息：free -h
查看硬盘信息：df -h
查看文件大小：du -h -d 1
查看文件大小：du -sh ~
查看系统进程：top / htop / ps -ef | grep “$LOGNAME”

变量

echo
1）打印字符串
2）打印变量的值，变量调用要加 $
3）单引号内变量不会被解释，双引号内变量会被解释

环境变量

用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量
1）$HOME：当前用户的主目录
2）$PATH：shell查找命令的目录列表，由冒号”:”分隔
只有放在bin里面的程序可以直接调用，否则需要写绝对路径或相对路径
3）$SHELL：bash shell的全路径名
4）$LOGNAME：当前用户的登录名
5）$PS1：shell命令行界面的主提示符
~/.bashrc：该文件包含专用于你的bash shell的bash信息，当登录时以及每次打开新的shell时，该文件被读取和执行。

状态变量

用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量
$? ：获取执行上一个指令的执行状态返回值，返回0表示 上一个命令或者程序执行成功，返回的值为非0则表示上一个命令执行失败
$$：获取当前执行的shell脚本的进程号PID
$! ： 获取上一个后台工作的进程的进程号PID
$_ ：获取在此之前执行的命令或脚本的最后一个参数

位置参数变量

用于用于向命令或程序脚本中传递信息
$n ：n 为数字，$0 代表命令本身，$1~$9 代表第 1~9 个参数，10以上的参数需要用大括号包含，如${10}
$* ：命令行中所有的参数，把所有的参数看成一个整体
$@：命令行中所有的参数，不过把每个参数区别对待
$# ：命令行中所有参数的个数

自定义变量

由用户自行定义的变量，可用于用户编写的脚本，多个命令间的值传递等

结构化语句

if条件语句

QQ图片20210728162815.png

数值判断

[ INT1 -eq INT2 ] equal INT1 和 INT2 两数相等
[ INT1 -ne INT2 ] not equal INT1 和 INT2 两数不等
[ INT1 -gt INT2 ] great than INT1 大于 INT2
[ INT1 -ge INT2 ] great equal INT1 大于等于 INT2
[ INT1 -lt INT2 ] less than INT1 小于 INT2
[ INT1 -le INT2 ] less equal INT1 小于等于 INT2

字符串判断

[ -z STRING ] STRING的长度为零
[ -n STRING ] STRING的长度非零
[ STRING1 ] 字符串不为空
[ STRING1 == STRING2 ] 两个字符串相同
[ STRING1 != STRING2 ] 字符串不相同
[ STRING1 < STRING2 ] STRING1字典排序在STRING2前面

文件判断

[ -a FILE ] FILE 存在
[ -d FILE ] FILE 存在且是一个目录
[ -f FILE ] FILE 存在且是一个普通文件

for循环语句

QQ图片20210728164718.png
变量要加{}，否则容易分辨不出
反引号`` ：将反引号内的Linux命令先执行，然后将执行结果赋予变量；获取来自于其他Linux命令的值

while循环语句

QQ图片20210728170022.png

参数扩展

${变量#关键字} 若变量内容从头开始的数据符合“关键字”，则将符合的最短数据删除
${变量##关键字} 若变量内容从头开始的数据符合“关键字”，则将符合的最长数据删除
${变量%关键字} 若变量内容从尾开始的数据符合“关键字”，则将符合的最短数据删除
${变量%%关键字} 若变量内容从尾开始的数据符合“关键字”，则将符合的最长数据删除
${变量/旧字符串/新字符串} 若变量内容符合“旧字符串”，则首个旧字符串会被新字符串替换
${变量//旧字符串/新字符串} 若变量内容符合“旧字符串”，则全部旧字符串会被新字符串替换
${变量:索引} 截取变量从索引位置到末尾的所有字符
${变量:索引:n} 截取变量从索引位置开始的n个字符（从0开始编号）
${变量:索引:(-n)}
${变量:索引:-n}		 截取变量从索引位置到倒数第n+1位的所有字符

shell脚本

为了和普通文本文件区分开，通常shell脚本都会以 .sh 为后缀名
脚本首行的 #! 是Linux的 Shebang符号，指定解释器
#!/user/bin/env bash：env用来找当前环境下的解释器

输出流

1：标准输出流，运行成功的代码的结果
2：标准误输出流，运行失败的报错
分开重定向，将正确和错误的结果输出到不同文件进行保存

修改权限

chmod 764 FILENAME：-rwxrw-r—

任务提交

nohup ：不要挂断任务，即把任务提交到服务器上运行
& ：任务后台运行，通常与 nohup 连用
top ：实时显示系统中各个进程的资源占用状况，按 q 退出
ps ：Process Status列出当前系统中运行的进程列表， 一般加上 –ef 参数
kill ：杀掉进程，kill PID

图片引用自生信技能树团队