Linux：软件安装

安装教程：https://www.bilibili.com/video/av28836717
安装代码：http://www.biotrainee.com/thread-856-1-1.html

Conda

作用
1）越过管理员权限
2）下载二进制版本
3）解决编译环境问题

下载安装

wget -c
-c：恢复获取部分下载的文件（断点续传）
conda下载安装.pdf

频道

添加频道.pdf
后添加的频道优先级高—>bioconda有用，最后添加bioconda
查看已添加的频道：
conda config —show channels
cat ~/.condarc

环境

1）conda会改变原先设置好的环境 —> base环境里最好不要装任何包
2）不同的软件的依赖会互相冲突
3）创建多个环境方便项目管理

创建环境的时候可以直接安装软件及预先指定环境的依赖版本 —> conda create -n py2 python=2.7
环境重命名 —> conda create -n Python2 —> conda create -n py2 — clone Python2 —> conda remove -n Python2 —all

安装软件

conda install
安装历史版本添加：conda install -y fastqc=0.11.7
-y 跳过确认步骤

安装成功
或打印出帮助文档
找不到软件

1）确认conda是否能安装你所需要的软件
2）确认名字是否打错
3）确认你要的包在conda中的名称

查看软件
conda list 查看当前环境所安装的软件
conda list SOFT* 查看符合正则表达式的软件
conda list -n NAME 查看指定的环境的软件

升级软件
conda update SOFTWARE

卸载软件
conda remove -n NAME SOFTWARE

mamba

帅啊
作用
1） 使用启动环境以外的所有conda的命令

安装
conda install mamba

搜索软件

mamba repoquery search fastqc

安装软件

可多线程
mamba install fastqc

安装报错选手权

网络断开

1）查看网络链接状况
2）重复运行几次
3）删掉~/.condarc里的defaults频道
4）使用mamba

Solving environment

1）把镜像的https改成http：去掉security协议
2）conda clean —all 清除全部
conda clean -i 清除index缓存
tips：更换镜像的时候记得先运行这一条
conda clean -p 清除不用的包
conda clean -t 清除缓存的包

下载不完整

1） 重新下载一个完整 的安装包

二进制文件安装

下载压缩包 —> 解压

调用方式
1）绝对路径/相对路径
2）添加到环境变量
一次性 PATH=绝对路径：$PATH
永久 echo ‘export PATH=”绝对路径：$PATH” ‘ >> ~/.bashrc —-> source ~/.bashrc

源代码安装 source code

1）下载
2）解压
3）编译
4）添加到PATH

编译

1） ./configure —prefix=安装目录
检查系统，构建makefile
2）make
编译
3） make install
安装

Java编译

1）下载
2） 解压
3）java -jar xxx.jar

alias

别名，简化代码
设置： alias ALIASNAME=’一段可以运行的代码’
使用：ALIASNAME
取消： unalias ALIASNAME

ppt及图片引用自生信技能树团队