登录服务器
填表法
1）输入用户名、IP地址、密码
2）不用每次输入密码
3）适合有多个服务器又容易忘记密码的情况
*）容易真的把密码忘掉
Xshell
命令行法
1）每次输入一条命令ssh userid@ip [port]
2）每次登录得输入密码
3）按↑即可找到命令，比较方便
ssh 用户名@IP地址 特殊端口
常见问题
1）网络异常：
Connection closed by foreign host.
2）拒绝访问
access denied
重新设置登录端口
3）远程主机IP的数字填错了
4）登录名填错或大小写混淆
5）登录名填入了冗余信息
6）密码输错导致登录失败
退出登录
输入 exit
系统介绍
文件结构
/：根目录root
/root/：管理员用户
/home/：一般用户文件夹所在的目录
/bin/：工具箱
命令格式
command 空格 [-options 空格 [parameter]] 空格 [FILE]
command：命令名，相应功能的单词或缩写
[ ] 代表有时候可以省略
-options：选项，用来对命令进行控制，也可以省略
两种格式：-h，—help
parameter：传给命令的参数，可以是零个、一个或者多个
FILE：要处理的文件
快捷键
| 单击Tab |
只有单个补齐选项时补齐命令 |
双击Tab |
展示所有可以补齐的文件或命令 |
| Ctrl+U |
剪切光标所在位置到行首的字符 |
Ctrl+K |
剪切光标所在位置到行尾的字符 |
| Ctrl+W |
剪切光标所在位置前的一个单词 |
Ctrl+Y |
粘贴命令行剪切的内容 |
| Ctrl+C |
终止任务 |
Ctrl+Z |
暂停任务 |
| Ctrl+A |
回到行首 |
Ctrl+E |
回到行尾 |
| Ctrl+L |
清屏 |
|
|
| 双击 |
选中单词 |
三击 |
选中行 |
—help/-h/-help 查看帮助文档
文件管理
工作目录
| pwd |
打印工作目录 |
print working directory |
|
| cd [路径/目录] |
切换工作目录，默认回到家目录 |
change directory |
|
| . |
当前目录 |
/ |
根目录或目录分隔符 |
| .. |
上级目录 |
../.. |
上上级目录 |
| ~ |
家目录 |
- |
上一次的工作目录 |
绝对路径：从根目录开始写
相对路径：从当前目录、上级目录或家目录开始写
| ls [参数] [路径/目录/文件名] |
列出工作目录下的文件 |
list |
| -a |
列出全部的文件，包括隐藏文件 |
all |
| -l |
列出目录的详细信息 |
long |
| -h |
将目录容量转换为以人类易读的方式，如GB、KB |
human |
| -S（大写） |
以文件大小排序 |
Size |
| -t |
以时间排序 |
time |
| *内容 |
列出指定内容为结尾的文件 |
常用于指定文件格式 |
| ll=ls -la |
|
文件属性
文件夹
| mkdir [-p] 目录名 |
新建文件夹 |
make directory(ies) |
| -p |
递归创建目录 |
parents |
空格区分需要创建的多个文件夹
创建具有明确意义的文件夹
使用驼峰命名法（第二个单词开始的首字母大写）/蛇形命名法（下划线代替空格）
| tree |
以树的结构展示文件目录结构 |
需要手动安装 |
| -L level |
展示到第几层目录 |
level为数字 |
| -p |
展示文件属性 |
protections |
| -u |
展示文件作者或UID编号 |
UID |
| -g |
展示文件组作者或GID编号 |
GID |
| -s |
展示文件大小 |
size |
| -h |
将文件大小转换为以人类易读的方式 |
human |
| -D |
展示最终修改日期 |
Date |
文件
| mv 文件/目录 目录 |
移动文件 |
move |
| mv 文件/目录 新文件名/新目录名 |
重命名 |
|
| cp [OPTION] SOURCE DIRECTORY |
拷贝粘贴 |
copy and paste |
| -r |
递归拷贝粘贴文件夹及其中的文件 |
|
| 目录/文件名 |
拷贝粘贴后进行重命名 |
| rm [-option] file |
删除，不可逆 |
remove |
| -r |
递归删除文件夹及其中的文件 |
|
| -i |
在删除前询问用户 |
|
| -f |
不显示警告讯息 |
force |
连接
| ln [-option] TARGET DIRECTORY |
连接 |
link |
| -s |
软连接，相当于快捷方式 |
|
| 目录/连接名 |
连接并重命名 |
用绝对路径写软连接
连接后的文件夹是文件，rm link删除连接，rm -r link/删除连接的文件夹中的文件
压缩
| tar [参数] [待解压包] |
解压，默认为当前目录
tar **-zxvf** Data.tar.gz |
tape archive |
tar [参数] <压缩后文件名>
[待压缩文件/目录] |
压缩
tar **-zcvf** Data.tar.gz Data … |
对一堆文件进行打包，实际没有压缩
压了，但没完全压 |
| -c |
创建新的压缩文件 |
|
| -x |
从已有的压缩文件中提取文件 |
|
| -f |
输出结果到文件或设备 |
|
| -v |
在处理文件时显示文件进度 |
|
| -j |
将输出重定向给bzip2命令 |
|
| -z |
将输出重定向给gzip命令 |
|
| -C |
指定解压目录 |
对文件进行打包，成为一个文件后，可以进行压缩↓
| zip/unzip |
压缩和解压zip文件 |
| gzip/gunzip |
压缩和解压gz文件 |
| bzip2/bunzip2 |
压缩和解压bz2文件 |
查看
| cat |
查看文本文件的内容，输出到屏幕 |
concatenate |
| -A |
列出所有内容，包括特殊字符，如制表符 |
如$（回车） |
| -n |
打印出所有行号 |
|
| -b |
仅打印非空白行行号 |
|
| >文件 |
重定向，将内容输出进文件 |
|
| zcat |
查看压缩的文本文件 |
* |
| tac |
逆向查看 |
* |
| head |
查看文件的前n行，默认10行 |
常结合管道符（|）用于控制输出行数 |
| tail |
查看文件的后n行，默认10行 |
|
| -n |
指定查看行数 |
| more |
逐页查看，按空格翻页，按回车换行，q退出 |
|
| less [参数] 文件名 |
|
|
| -N |
显示行号 |
|
| -S |
单行显示 |
|
| 上下左右键 |
翻看文本内容 |
|
| Enter键 |
向下移动一行 |
|
| /keyword |
查找关键词 |
|
| n/N |
进行上下关键词切换 |
|
| q |
退出 |
|
| zless |
查看压缩文件 |
* |
PS：在使用less时不要随意按动键盘
| wc |
统计文本 |
|
| -l |
统计行 |
|
| -w |
统计字符串数/单词数 |
|
| -c |
统计字节 |
| cut |
文本切割 |
|
| -d |
指定分隔符，默认\t |
|
| -f |
输出哪几列 |
字段fields |
| sort |
排序 |
|
| -n |
按照数值从小到大进行排序 |
number |
| -V |
字符串中含有数值时，按照数值从小到大排序 |
|
| -k |
指定区域，列 |
|
| -r |
逆向排序 |
|
| -t |
指定分隔符 |
| uniq |
去除重复行 |
uniq只能去除相邻的重复行
因此最好sort连用 |
| -c |
统计每个字符串连续出现的行数 |
|
|
|
| paste |
文本合并 |
|
| -d |
指定分隔符 |
|
| -s |
按行合并 |
|
| paste file1 file2 |
|
|
| seq 20 | paste - - |
|
| tr |
字符替换 |
|
| -d |
删除指定字符 |
|
| -s |
缩减连续重复字符 |
部分图片引用自生信技能树团队
