01.1-预览对象

一个 DEGContainer 对象就像乐高积木一样，可以被拆解成分散的模块。
目前对于这样的子模块并没有做很多函数的支持，主要是拆解数据方便查看。
所以不推荐在运算完成之前这样做。

拆分代码

dtinfo <- dataInfo(data_i)
degres <- degResults(data_i)
hyperres <- hyperResults(data_i)
gseres <- gseResults(data_i)
msigdb <- MSigDB(data_i)

五大模块

dataInfo

• expMatrix 筛选前的表达量矩阵
• species 物种名 比如 Human Mouse Rat 或者其他
• dataType 数据类型 Counts 还是 Array，如果是 Counts 意味着值为整数类型
• idType ID 类型 请使用 SYMBOL
• groupInfo 分组信息 每个样本对应哪个分组
• caseGroup 实验组 哪个分组是实验组
• filterMethod 筛选方法，可以是一个函数，可以是数字，可以是任何能对data.frame 的基因起到筛选作用的东西

• filterMethod 筛选后的表达矩阵，也是之后用来的分析的表达矩阵。

  degResults

• vsData 三种方法差异分析的结果，以及这三种方法的交集

  • **limma_res** limma 的差异分析结果
  • **edgeR_res** edgeR 的差异分析结果
  • **DESeq2_res** DESeq2_res 的差异分析结果
  • **merge_res** 当存在上述三种方法的两种及以上分析结果时，取的交集

• treatInfo 处理差异分析结果的参数

  • **cutFC** 为logFC设置的阈值，默认为NULL，计算过程中会自动指定一个合适的阈值，并更新到此处。也可以指定一个合适的值，但通常在差异分析运算之前，无法确定这个值。
  • **cutFDR** 为 pvalue 设置的阈值，默认0.05
  • **label** 上下调分组和不显著分组的名字，顺序应该是 下调 不显著 上调
  • **label_ns** 不显著分组的名字，应是label中的一个
  • **sigCol** **sigAlpha** **sigSize** **sigShape** 火山图的散点 颜色 透明度 大小 形状，如果是一个大家都一样，如果是三个分别对应 下调 不显著 上调

    hyperResults

    

• **hyperRes** hyper 分析的结果

• **hyperParam**
  • **goParam** hyper GO 的参数
  • **keggParam** hyper KEGG 的参数

gseResults

• **gseRes** gse 分析的结果

• **gseParam** gse 分析的参数

  • **goParam** GSE GO 的参数
  • **keggParam** GSE KEGG 的参数

    MSigDB

    
    基于MSigDB 数据库的这个模块，包含一下三个关键任务

    下载数据

• msigdbParam 配置 MSigDB 数据库的参数

  • species 物种
  • category MSigDB 分类中的一个，比如H，C1等
  • subcategory 更细的分类

• msigdbData 根据上面 MSigDB 数据库的参数下载的MSigDB 数据库

  富集分析

• msigdbGSEAparam 使用MSigDB 数据库进行 GSE 分析的参数

• msigdbGSEAparam 使用MSigDB 数据库进行 Hyper 分析的参数
• msigdbGSEAresult 使用MSigDB 数据库进行 GSE 分析的结果

• msigdbHyperResult 使用MSigDB 数据库进行 Hyper 分析的结果

  GSVA

• msigdbGSVAresult 使用MSigDB 数据库进行 GSVA 分析的结果

• msigdbTreat 筛选 GSVA 分析结果的阈值
  • **cutFC** 为logFC设置的阈值，默认为NULL，计算过程中会自动指定一个合适的阈值，并更新到此处。也可以指定一个合适的值，但通常在差异分析运算之前，无法确定这个值。
  • **cutFDR** 为 pvalue 设置的阈值，默认0.05
  • **label** 上下调分组和不显著分组的名字，顺序应该是 下调 不显著 上调
  • **label_ns** 不显著分组的名字，应是label中的一个
  • **sigCol** **sigAlpha** **sigSize** **sigShape** 火山图的散点 颜色 透明度 大小 形状，如果是一个大家都一样，如果是三个分别对应 下调 不显著 上调

    对象操作

    更改内容

    以更改pvalue的阈值为例
    

    获取所有操作函数

    methods(class = "DEGContainer")