一个 DEGContainer 对象就像乐高积木一样,可以被拆解成分散的模块。
目前对于这样的子模块并没有做很多函数的支持,主要是拆解数据方便查看。
所以不推荐在运算完成之前这样做。

拆分代码

  1. dtinfo <- dataInfo(data_i)
  2. degres <- degResults(data_i)
  3. hyperres <- hyperResults(data_i)
  4. gseres <- gseResults(data_i)
  5. msigdb <- MSigDB(data_i)

五大模块

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dataInfo

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  • expMatrix 筛选前的表达量矩阵
  • species 物种名 比如 Human Mouse Rat 或者其他
  • dataType 数据类型 Counts 还是 Array,如果是 Counts 意味着值为整数类型
  • idType ID 类型 请使用 SYMBOL
  • groupInfo 分组信息 每个样本对应哪个分组
  • caseGroup 实验组 哪个分组是实验组
  • filterMethod 筛选方法,可以是一个函数,可以是数字,可以是任何能对data.frame 的基因起到筛选作用的东西
  • filterMethod 筛选后的表达矩阵,也是之后用来的分析的表达矩阵。

    degResultsimage.png

  • vsData 三种方法差异分析的结果,以及这三种方法的交集

    • **limma_res** limma 的差异分析结果
    • **edgeR_res** edgeR 的差异分析结果
    • **DESeq2_res** DESeq2_res 的差异分析结果
    • **merge_res** 当存在上述三种方法的两种及以上分析结果时,取的交集
  • treatInfo 处理差异分析结果的参数

    • **cutFC** 为logFC设置的阈值,默认为NULL,计算过程中会自动指定一个合适的阈值,并更新到此处。也可以指定一个合适的值,但通常在差异分析运算之前,无法确定这个值。
    • **cutFDR** 为 pvalue 设置的阈值,默认0.05
    • **label** 上下调分组和不显著分组的名字,顺序应该是 下调 不显著 上调
    • **label_ns** 不显著分组的名字,应是label中的一个
    • **sigCol** **sigAlpha** **sigSize** **sigShape** 火山图的散点 颜色 透明度 大小 形状,如果是一个大家都一样,如果是三个分别对应 下调 不显著 上调

      hyperResults

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  • **hyperRes** hyper 分析的结果

  • **hyperParam**
    • **goParam** hyper GO 的参数
    • **keggParam** hyper KEGG 的参数

gseResults

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  • **gseRes** gse 分析的结果
  • **gseParam** gse 分析的参数

    • **goParam** GSE GO 的参数
    • **keggParam** GSE KEGG 的参数

      MSigDB

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      基于MSigDB 数据库的这个模块,包含一下三个关键任务

      下载数据

  • msigdbParam 配置 MSigDB 数据库的参数

    • species 物种
    • category MSigDB 分类中的一个,比如H,C1等
    • subcategory 更细的分类
  • msigdbData 根据上面 MSigDB 数据库的参数下载的MSigDB 数据库

    富集分析

  • msigdbGSEAparam 使用MSigDB 数据库进行 GSE 分析的参数

  • msigdbGSEAparam 使用MSigDB 数据库进行 Hyper 分析的参数
  • msigdbGSEAresult 使用MSigDB 数据库进行 GSE 分析的结果
  • msigdbHyperResult 使用MSigDB 数据库进行 Hyper 分析的结果

    GSVA

  • msigdbGSVAresult 使用MSigDB 数据库进行 GSVA 分析的结果

  • msigdbTreat 筛选 GSVA 分析结果的阈值
    • **cutFC** 为logFC设置的阈值,默认为NULL,计算过程中会自动指定一个合适的阈值,并更新到此处。也可以指定一个合适的值,但通常在差异分析运算之前,无法确定这个值。
    • **cutFDR** 为 pvalue 设置的阈值,默认0.05
    • **label** 上下调分组和不显著分组的名字,顺序应该是 下调 不显著 上调
    • **label_ns** 不显著分组的名字,应是label中的一个
    • **sigCol** **sigAlpha** **sigSize** **sigShape** 火山图的散点 颜色 透明度 大小 形状,如果是一个大家都一样,如果是三个分别对应 下调 不显著 上调

      对象操作

      更改内容

      以更改pvalue的阈值为例
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      获取所有操作函数

      1. methods(class = "DEGContainer")
      image.png