提前说明其实并没有做到自己真正的纠错。。。

4.15晚

首先昨晚是Linux的程序安装，老师提供了两种安装方法，快捷的网页安装和手动环境安装，以及介绍了更快速的下载工具mamba
在昨晚，因为在第一个小环境rna中，体会到了mamba的便捷，所以我就在R4，也就是第二个需要完成的小环境软件安装中使用了mamba，再使用安装软件命令

  1. # 安装R语言软件包
  2. conda install -y r-getopt r-tidyverse r-ggplot2=3.3.5 bioconductor-limma bioconductor-edger bioconductor-deseq2 bioconductor-clusterprofiler bioconductor-org.hs.eg.db=3.13.0
  3. ## 或者使用mamba安装：mamba install -y r-getopt r-tidyverse r-ggplot2=3.3.5 bioconductor-limma bioconductor-edger bioconductor-deseq2 bioconductor-clusterprofiler bioconductor-org.hs.eg.db=3.13.0

第一个问题出现
image.png即在Executing transaction这一步持续运行（时间相对于之前的安装非常久）。 当然由于时间匆忙，所以老师也建议我使用网页快捷方法试试，但是群里也有同学提示我说使用conda是可以的。

4.16白天

Day2
第二天，我使用了如下命令

conda env create -n rna -f rna.yaml
# 如果有mamba的话可以用mamba安装
# mamba env create -n rna -f rna.yaml
conda env create -n R4 -f R4.yaml

环境创建成功、激活，R进入R后，我发现 library所有的R包都报：不存在这样的R包

library(getopt)
library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(limma)
library(edgeR)
library(DESeq2)
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)

这里我以为是网页工具可能没下载🤔，所以我自己就在此进入R环境后一次运用之前学习的知识自己安装，然后遇到了如下情况：
1.image.pngimage.png健明老师说可以，我就开始了（这里私以为之前R的学习到这里一个一个安装R包应该没问题嚒，没想到，这才是烦恼的开始/高估自己了。。）

前几个包一次使用install.packages()和BiocManager::install() 就可以了 ，但是从‘DESq2’和‘clusterProfiler’开始，出现了如下的报错image.pngimage.png看着报错，我想简单嚒，也就是依赖包没安装不，简单！ 大不了，麻烦点，我手动一个一个来吧，clusterProfiler比较少，我从这个开始
一次分别是KEGGREST，这个加载成功了在AnnotationDbi，然后是DO.db，也可以，目前顺利！
结果到了enrichplot的依赖包ggraph的时候，不对劲了（因为这里截图被我清空了，我直接输入报错）
installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status （其实这里第一个是ggraph）
这个问题：我的解决方法如下
自己Biying

  1. 第一个切题的回答，对Linux上的ggraph安装及糟糕问题进行Biying，发现正有一样的问题链接

他这里提出了这样的方案image.png
结果就是：我试了，卡在第一步安装r-units不动，看了一下答案日期，18年的，可能会有出入吧。。。。

  1. 第二个回答，也有人和我遇上了类似的问题链接image.png17年的，下面有人说这是个bug，这。。
  2. 最后，当我打算把眼光放远一点，不针对包，而是这样的报错，搜到了这样的

image.png链接 和这样的
image.png链接
….
怎么说了，我不知道他们说的对不对，但是我知道他们肯定有自己的道理和知识，以及我更知道的是
我看不懂！！！

所以，正打算我想把以上的信息放在群里轰炸助教老师的时候，愚蠢的我在输入信息的时候在聊天框command+z把聊天框打的内容清空了。。。。。
Oh My God！
顺便说一句，那个时候离今天上课还有2h，以及我折腾这些大半天了

于是，我当时也懒得打字了，心灰意冷的我又想起了昨晚卖萌🐶哥的勤恳教导，耐心答疑，以及群里飞过去的各种问题报错。。。我的脑海里只有一句话：
Conda 安装是可以的。。。。。吗？
所以接下来就是：
conda remove -n R4 —all
conda create -y -n R4 python=3.8
conda activate R4
（mamba再见吧👋）
conda install -y r-base=4.1.2
conda install -y r-getopt r-tidyverse r-ggplot2=3.3.5 bioconductor-limma bioconductor-edger bioconductor-deseq2 bioconductor-clusterprofiler bioconductor-org.hs.eg.db=3.13.0
（等待了好久 以及尽管还是在executation这一步卡了好久，最后还是好了。。）
R
加载所有的R包
OK

所以我做了什么，我把老师给的Linux软件安装.md文件正常跑了一遍（忽略注销的提示、可选方法，再多一点耐心）就好了
。
。
。
我什么也没做。。。。

所以这件事情的教训就是：
1.在自己的理解不够的情况下，最好的方法还真不是快捷，按照老师说的最经典的途径肯定没问题
2.自己debug可能很“自信”，经历很有用，但是现在时间比较紧张的情况下，还是听老师的话吧

补充

最后再补充一个之前salmon一直没弄好的报错解决
image.png
image.pngimage.png

对于这样的问题是
image.pngimage.png
以及这里很重要的一点：image.png

本文的代码和pdf课件内容来自于生信技能树课程