KEGG pathway将基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学中的分子数据集映射到通路图上,以进行这些分子的生物学功能解释。我们使用clusterProfiler R包对miRanda和RNAhybrid软件都预测到的差异表达piRNA靶基因进行通路分析,并推断piRNA参与的生物学功能。

    ID Description GeneRatio BgRatio pvalue p.adjust qvalue geneID Count
    hsa04068 FoxO signaling pathway 15/274 131/8919 1.09E-05 0.0024 0.0019 Homer2… 15

    表9.差异表达piRNA靶基因pathway分析结果

    各列说明:
    ID:KEGG ID
    Description:KEGG ID的描述
    GeneRatio:输入基因和特定KEGG ID中所包含的基因共有的基因个数 / 总的输入基因个数
    BgRatio:特定KEGG ID中所包含的基因个数 / 背景基因个数(即数据库中的全部基因)
    pvalue:特定KEGG ID的富集p值
    p.adjust:调整的p值(默认BH算法)
    qvalue:特定KEGG ID的富集q值
    geneID:输入基因和特定KEGG ID中所包含的基因共有的基因名字
    Count:输入基因和特定KEGG ID中所包含的基因共有的基因个数

    我们提供了以p<=0.05为显著条件的富集结果(.sig.xlsx),top10条目的条形图(barplot)、气泡图(dotplot)和Pathway map等图。
    并且提供了不设置阈值过滤的总结果(
    .all.xlsx),以供参考。

    1.jpg
    图7. top 10显著富集的pathway条目bar图

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    图8. top 10显著富集的pathway条目dot图

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    图9. Pathway map。红色表示靶基因表达上调,绿色表示靶基因表达下调