KEGG pathway将基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学中的分子数据集映射到通路图上,以进行这些分子的生物学功能解释。我们使用clusterProfiler R包对miRanda和RNAhybrid软件都预测到的差异表达piRNA靶基因进行通路分析,并推断piRNA参与的生物学功能。
ID | Description | GeneRatio | BgRatio | pvalue | p.adjust | qvalue | geneID | Count |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
hsa04068 | FoxO signaling pathway | 15/274 | 131/8919 | 1.09E-05 | 0.0024 | 0.0019 | Homer2… | 15 |
表9.差异表达piRNA靶基因pathway分析结果
各列说明:
ID:KEGG ID
Description:KEGG ID的描述
GeneRatio:输入基因和特定KEGG ID中所包含的基因共有的基因个数 / 总的输入基因个数
BgRatio:特定KEGG ID中所包含的基因个数 / 背景基因个数(即数据库中的全部基因)
pvalue:特定KEGG ID的富集p值
p.adjust:调整的p值(默认BH算法)
qvalue:特定KEGG ID的富集q值
geneID:输入基因和特定KEGG ID中所包含的基因共有的基因名字
Count:输入基因和特定KEGG ID中所包含的基因共有的基因个数
我们提供了以p<=0.05为显著条件的富集结果(.sig.xlsx),top10条目的条形图(barplot)、气泡图(dotplot)和Pathway map等图。
并且提供了不设置阈值过滤的总结果(.all.xlsx),以供参考。
图7. top 10显著富集的pathway条目bar图
图8. top 10显著富集的pathway条目dot图
图9. Pathway map。红色表示靶基因表达上调,绿色表示靶基因表达下调