文件系统结构

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查看CPU信息

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Thread per core:线程，翻译成人话就是说，一个八核八线程就是说，一份活有八个人干，效率可能不会X8，但是一定大于1

查看内存信息 free -h

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查看硬盘信息 df -h

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查看文件大小 du -h -d 1

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也可以用du -h -d 2 ，后面的数字显示的是展开的层级
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查看文件大小：du -sh ~

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查看系统的进程和任务：1.top （htop） 2. ps -ef

top: 类似于任务管理器

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退出：Ctrl C 或者 type C
htop: 配色很好看，高级版，鼠标可以和界面交互作用
这个图片里上面的八个框框代表的是八个线程
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ps -ef

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UID : USER 的ID
PID : 任务的ID

jobs

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top & : 将top任务放在后台运行，底下显示的数字指的是 这个任务所代表的编号
jobs 可以查看正在运行的任务，为什么这里显示top的任务是stopped，因为top本身就是显示终端，这里在后台不能运行

kill

kill -9 16570 : 关闭这个进程
“-9”的意思是kill的参数有很多，-9 是其中的一种
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变量

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自定义变量

由用户自行定义的变量，可用于用户编写的脚本，多个命令间的值传递等（注：前后不要有空格）
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echo a ： 打印字符串 ，不解释变量
echo $a : 打印其背后的值 ， 解释变量
单引号：变量不被解释
双引号：变量被解释

环境变量

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奇怪的数字是 颜色代码
\U 指的是user

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状态变量

用于记录命令的运行结果
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$?: 返回值是否是非零值，这个很重要，一定要记住，后面的代码经常出现

位置参数变量

用于向命令或者程序脚本中传递信息
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！/bin/bash : 位置是$0
analysis_dir=$1 : 位置是上面之后的1号位置
诸如此类，2号位置，3号位置等等

结构化语句

条件语句 if

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if 数值判断

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这里要注意[ ],这个中括号里面是有空格的!!!,如果没有空格，例如 1] ，这个会被判断成是一个东西
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if字符串判断

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if 文件判断

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for 循环

常见格式：for i in list

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变量要加{}！！！！！
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for循环常见格式 ： list ,fo i in list

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反引号 里的内容会被优先执行

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While 循环语句的常见格式

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read id里面的id是一个形式参数，任意命名。它也可以叫别的名字，比如说，read qyy ,后面跟着也写一样的东西就行

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  1. cat config | while read id; do mv $id ${id%.txt}; done
  2. #%的意思是拿掉点之后的后缀

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参数扩展

去尾比掐头更重要
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作业

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  1. $ for i in {01..10}
  2. > do
  3. > echo SRR12345${i}.sra >> config
  4. > done

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  1. $ cat config |while read id
  2. > do
  3. > echo ${id%.sra}.fastq
  4. > done

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snakemake bpipe nextflow make+makefile

Shell脚本

shell 脚本：一般会以.sh为后缀 ， 可以和普通文件区分开
bash: shell的解释器 另一种编译器是dash
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shell脚本更改权限
脚本的$ 符号的意思是：这里是普通用户，
#！ 符号的意思是：这里是管理员权限
chmod :change mode 改变模式
764：自己是可读可写可执行 同组是可读可写 其他人是可读
777： 权限最大，所有人都可以可读可写可执行
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参数传递

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1: 标准输出流：打印到屏幕上的

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任务提交

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nohup:不要挂断，把任务提交到服务器上运行，如果没有这个命令，×掉对话框之后，就会打断任务，有了这个命令就可以像B站一样后台运行
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