title: ATM Mutations Benefit Bladder Cancer Patients Treated With Immune Checkpoint Inhibitors by Acting on the Tumor Immune Microenvironment [2020 publication]
    2021.11.30拆解：

    1. 标题信息：
      1. 研究对象：免疫检查点治疗的bladder cancer
      2. 探讨机制：ATM作用于肿瘤免疫微环境
      3. 机制表型：对肿瘤的益处（生存曲线等）
    2. 数据解读：
      1. table1: 基线资料表：展示纳入数据的基本信息
      2. fig1：ATM-MT与生存曲线的相关性
        1. 先根据ATM突变状态分为突变组(MT），和野生组（WT)Screen Shot 2021-11-30 at 9.42.30 AM.png
        2. AC图，与WT对比，说明MT接受ICI治疗死亡率更低，效果更好
      3. fig2: ATM-MT与肿瘤突变负荷之间的关系
        1. A：ICI-treated来源的数据，热图：MT与WT相比，ATM及其他突变基因的肿瘤突变负荷（TMB score)，neoantigen load，及其与临床信息（生存OS curve，分期）的关系
          1. Screen Shot 2021-11-30 at 9.43.20 AM.png
          2. 说明ATM-MT的有更高的TMB-score， neoantigen load，和OS curve
        2. B: 与A图类似，但是TCGA-BLCA来源数据
        3. CD: 展示ATM的拷贝数变异（CNV）及其位置Screen Shot 2021-11-30 at 9.43.57 AM.png
          1. MT中跨越CCDN1 基因的片段显著扩增
          2. MT中跨越CDKN2A和CKDN2B的片段显著缺失
      4. fig3: ATM-MT促进Immunogenicity，并激活免疫抗肿瘤性
        1. AB: 比较ATM-MT与ATM-WT：免疫相关基因的表达变化
        2. CD: ATM-MT与ATM-WT相比：TMB-score更高（肿瘤突变Screen Shot 2021-11-30 at 9.45.57 AM.png负荷更高）
        3. EF: ATM-MT与ATM-WT相比： neoantigen load更高（肿瘤免疫原性更高）
        4. G: ATM-MT与ATM-WT相比：免疫细胞的变化
      5. Fig4: 功能富集找Screen Shot 2021-11-30 at 9.46.25 AM.png
        1. 找到ATM-MT与ATM-WT的差异基因，并GSEA功能富集分析
      6. Fig5: ATM-MT与ATM-WT的药物敏感性
        1. ATM-MT增加bladder cancer对29个药物敏感性
      7. Fig6: ATM突变与DDR(DNA损伤修复)的关系
        1. ATM-MT与ATM-WT：不同损伤修通路的基因数变化
        2. Screen Shot 2021-11-30 at 9.46.50 AM.png
    3. 总结
      1. 优点1：作者从ATM入手，解释为什么ATM对免疫治疗更敏感，及相关的marker
        1. 搭建ATM与免疫治疗的联系，为后期探索铺垫方向
      2. 优点2：涵盖基本研究免疫和突变需要用的方法
      3. 优点3:数据来源多样
      4. 不足1：比如找到相关免疫细胞后，结合单细胞测序，继续看看某类细胞的变化