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LD_LIBRARY_PATH是Linux环境变量名,该环境变量主要用于指定查找共享库(动态链接库)时除了默认路径之外的其他路径。
非常多的软件没有root权限安装会比较困难,主要就是因为各种系统库文件,也就是LD_LIBRARY_PATH这个环境变量里面的文件。比如前面我提到的lancet软件需要的库文件如下:
-llzma -lbz2 -lz -ldl -lpthread -lcurl -lcrypto -lbamtools
可以使用 ls /usr/lib |grep lib 查看自己是否有需要的库文件,当然还需查看其它库文件目录:echo $LD_LIBRARY_PATH 里面一般可以看到七八个已经定义好的库文件搜索路径。
当执行函数动态链接.so时,如果此文件不在缺省目录下 /lib和/usr/lib,那么就需要指定环境变量LD_LIBRARY_PATH 假如现在需要在已有的环境变量上添加新的路径名,则采用如下方式: LD_LIBRARY_PATH=NEWDIRS:$LD_LIBRARY_PATH (newdirs是新的路径串), 实例如下:
export LD_LIBRARY_PATH=/export/apps/anaconda2/2.4.1/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
一般报错:
/usr/bin/ld: cannot find -llzma collect2: error: ld returned 1 exit status make[1]: * [lancet] Error 1 make[1]: Leaving directory /home/bobo/biosoft/lancet/lancet/src' cp: cannot statlancet’: No such file or directory
其实就是gcc编辑器找不到我们系统的liblzma这个库文件,就是我们的LD_LIBRARY_PATH定义的所有路径里面都没有这个liblzma这个库文件。
验证gcc编辑器能否找到指定库文件的方法是:
gcc -llzma —verbose

需要找到系统的库文件地址

事实上,我们的机器肯定是有这个库文件的,只不过是不在LD_LIBRARY_PATH定义的所有路径里面,简单查找如下:
locate liblzma /export/apps/anaconda2/2.4.1/lib/liblzma.a /export/apps/anaconda2/2.4.1/lib/liblzma.la /export/apps/anaconda2/2.4.1/lib/liblzma.so /export/apps/anaconda2/2.4.1/lib/liblzma.so.5 /export/apps/anaconda2/2.4.1/lib/liblzma.so.5.0.5
为了解决我,我们需要添加:
export LD_LIBRARY_PATH=/export/apps/anaconda2/4.0.0/lib/:$LD_LIBRARY_PATH export LIBRARY_PATH=/export/apps/anaconda2/4.0.0/lib/:$LIBRARY_PATH

为什么修改LD_LIBRARY_PATH呢

因为运行时动态库的搜索路径的先后顺序是:
1.编译目标代码时指定的动态库搜索路径;
2.环境变量LD_LIBRARY_PATH指定的动态库搜索路径;
3.配置文件/etc/ld.so.conf中指定的动态库搜索路径;
4.默认的动态库搜索路径/lib和/usr/lib;
这个顺序是compile gcc时写在程序内的,通常软件源代码自带的动态库不会太多,而我们的/lib和/usr/lib只有root权限才可以修改,而且配置文件/etc/ld.so.conf也是root的事情,我们只好对LD_LIBRARY_PATH进行操作啦。

永久性添加

每次我使用该软件都需要临时修改库文件,因为上面的方法是临时设置环境变量 LD_LIBRARY_PATH ,重启或打开新的 Shell 之后,一切设置将不复存在。
为了让这种方法更完美一些,可以将该 LD_LIBRARY_PATH 的 export 语句写到系统文件中,例如 /etc/profile、/etc/export、~/.bashrc 或者 ~/.bash_profile 等等,取决于你正在使用的操
虽然LD_LIBRARY_PATH很方便,但是还是推荐大家在编译的时候指定-rpath来执行相对路径来找到动态链接库文件。